在.net的WinForm程序中，如果是直接起动的Form作为主窗口，那么这个主窗口是不能关闭的，因为它维护了一个Windows消息循环，它一旦关闭了就等于声明整个应用程序结束，所以新打开的窗口也就被自动关闭了。因此要关闭的窗口不能用Application.Run创建。
要在关闭一个窗口的同时打开另一个窗口，可以按如下做法：

先在第一个窗口声明一个公共的bool变量并赋值为true：
 如public bool closeflag = true;
在program类里运行第二个窗口，主要代码：
            Application.EnableVisualStyles();
            Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);
            Form1 form1 = new Form1();
            form1.ShowDialog();  //模式窗口，先运行Form1的作用
            if (from1.closeflag == false)
            {
                Application.Run(new Form2());
            }

然后在Form1的关闭的相关控件（如按钮或什么的，就是要关闭这个窗口的控件）  将closeflag赋值为false，并调用this.close();关闭第一个窗口。

出处：http://www.cnblogs.com/daban/archive/2012/07/06/2579471.html

C#关闭一个窗口的同时打开另一个窗口