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R语言连接数据库常用的方法有2种：

1、使用R数据库接口

连接MySQL，使用RMySQL包，使用前RMySQL包要先安装。

library(RMySQL)

连接方式有2种：

（1）使用dbConnect
conn <- dbConnect(MySQL(), dbname = "rmysql", username="rmysql", password="rmysql", host="127.0.0.1", port=3306)

数据操作方法：

dbWriteTable(conn, "tablename", data) #写表
dbReadTable(conn, "tablename")  #读表
dbDisconnect(conn) #关闭连接

（2）使用sqldf包

首先要安装sqldf包，其次调用：

>library(sqldf)

> sqldf("select * from t_data",dbname="test",drv="MySQL",user="root",password="",host="127.0.0.1",port=3306)

连接后，SQL查询语句后面的参数均可省略，例如：

> sqldf("select * from t_data limit 0,10")

2、使用ODBC连接

在Windows下配置ODBC（开放数据库连接），具体步骤如下：
（1）R下载RODBC包，安装好。
（2）在http://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc下载mySQL ODBC，安装好。
（3）Windows：控制面板->管理工具->数据源（ODBC）->双击->添加->选中mysqlODBC driver一项
填写：data source name 一项填入你要使用的名字，自己随便命名，例如：mysql_data;
description一项随意填写，例如mydata
TCP/IP Server 填写本机服务器IP，一般为：127.0.0.1
user 填写你的mysql用户名
password 填写你的mysql密码
然后数据库里会出现你的mysql里的所有数据库，选择一个数据库。
确定。
（4）打开R的界面调用数据库：

library(RODBC); 

channel <- odbcConnect("mysql_data", uid="root", pwd="123"); 

sqlTables(channel);#查看数据中的表 

data<-sqlFetch(channel,"kegg")# 查看表的内容，存到数据框里 

参考文章：

1、R语言连接Mysql数据库的步骤及简单使用mysql数据库中的数据（学习笔记）.http://www.dataguru.cn/thread-289411-1-1.html

2、R语言连接mySQL数据库步骤. http://blog.sina.com.cn/s/blog_ab3fbf1b0101komj.html

3、R连接MySQL数据库方法备忘. http://www.r-bloggers.com/lang/chinese/1247