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primer漏配问题解决
在对之前的ITS数据(454数据)做split时，发现有一些reads没有被匹配上，但是barcode能够完全匹配，虽然之后的primer在中间漏了一个碱基，导致后面的碱基全部误匹配，从而导致这条reads没有被匹配上的问题。
终于解决Qiime的问题后，使用 split_libraries.py 做切分，发现同样有这样的问题，Qiime并没有解决漏匹配的问题。
考虑如果用正常方法去做的话，对较小的异常数据需要花费N倍于正常数据的计算资源(包括硬件资源和运行时间)，对于这个问题来说是非常不明智的。
由于primer长度在20左右，我的解决办法是，取末端6个碱基，在reads的这6个碱基相应位置左移1-2位，作为漏匹配1-2位的替代处理，这样既解决了漏匹配的问题，而且还能够使原正常的数据匹配速度进一步加快。
1 #!/usr/bin/perl 2 use strict; 3 4 my $usage = "usage:\nsplit.pl\tmapfile\t.fa_file\toutprefix\n"; 5 die $usage unless @ARGV==3; 6 7 my $mapfile = shift @ARGV; 8 my $fafile = shift @ARGV; 9 my $outprefix = shift @ARGV;10 11 my %barcode;my $barcode_length = 0;12 my %primer;my $primer_length = 0;13 open MAP,$mapfile or die $!;14 while(<MAP>){15 chomp;16 next if /^#/;17 my @a = split /\s+/;18 $barcode{$a[0]} = $a[1];19 $barcode_length = length($a[1]) unless $barcode_length;20 die "barcode length do not match!" unless ($barcode_length == length($a[1]));21 $primer{$a[0]} = $a[2];22 $primer_length = length($a[2]) unless $primer_length;23 die "primer length do not match!" unless ($primer_length == length($a[2]));24 25 print "$barcode_length\t$primer_length\n";26 }27 close MAP;28 29 my %fa;30 open FA,$fafile or die $!;31 $/ = ">";32 <FA>;33 while(<FA>){34 chomp;35 my @a = split /\n/;36 my $id = shift @a;37 my $seq = join ("",@a);38 @a = split (/\s+/,$id);39 $id = shift @a;40 $fa{$id} = $seq;41 }42 $/ = "\n";43 close FA;44 45 open OUT,">$outprefix.fna" or die $!;46 foreach my $id (sort keys %fa){47 foreach my $sample (sort keys %barcode){48 my $seq = substr($fa{$id},0,$barcode_length);# print "$seq\n";49 if ($barcode{$sample} eq $seq){50 # print "barcode matched\n";51 my $pri0 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-6,6);52 my $pri1 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-7,6);53 my $pri2 = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-8,6);54 my $pri = substr($primer{$sample},$primer_length-6,6);55 if ($pri0 eq $pri){56 my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length);57 print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";58 last;59 }60 if($pri1 eq $pri){61 62 my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-1,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+1);63 print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";64 last;65 }66 if($pri2 eq $pri){67 my $s = substr($fa{$id},$barcode_length+$primer_length-2,length($fa{$id})-$barcode_length-$primer_length+2);68 print OUT ">$sample\t$id\n$s\n";69 last; 70 }71 } 72 }73 }74 close OUT;
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