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利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数
首先,进入千人基因组数据库的网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/
如下图所示,在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP,比如rs608139
搜索后出现如下界面,黄色区域是我们感兴趣的SNP,红色框框是不同国家和地区在该SNP对应的频率和个数。
千人基因组数据库包括的国家和地区如下表所示。
国家 | Continent | Population (Abb) |
中国,北京 | Asian | CHB |
日本,东京 | Asian | JPT |
中国,南方 | Asian | CHS |
越南 | Asian | KHV |
来自英国的印度泰卢固语人 | Asian | ITU |
孟加拉 | Asian | BEB |
中国傣族,西双版纳 | Asian | CDX |
来自英国的斯里兰卡泰米尔人 | Asian | STU |
古吉拉特印度人,来自休斯敦,德克萨斯 | Asian | GIH |
巴基斯坦 | Asian | PJL |
秘鲁 | South America | PEL |
芬兰 | Europe | FIN |
美国洛杉矶人,墨西哥祖先 | North America | MXL |
犹他州(CEPH),来自欧洲北部和西部的血统 | North America ( Europe ancestry) | CEU |
托斯卡尼 | Europe | TSI |
来自英国和苏格兰的英国人 | Europe | GBR |
来自麦德林的哥伦比亚人,哥伦比亚 | South America | CLM |
在西班牙的伊比利亚人 | Europe | IBS |
波多黎各 | North America | PUR |
非洲血统的美国人 | North America(African Ancestry) | ASW |
非洲加勒比地区 | America | ACB |
冈比亚人 | Africa | GWD |
埃桑人,尼日利亚 | Africa | ESN |
肯尼亚 | Africa | LWK |
在塞拉利昂(非洲)曼德人 | Africa | MSL |
约鲁巴人,尼日利亚 | Africa | YRI |
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