加计扣除主要是和企业所得税联系，内部自主研发无形资产费用化支出加计扣除50%，资本化支出形成无形资产的按成本150%摊销。
举个例子：截止2011年6月份，与研发相关的支出500万，费用化支出100万，资本化支出400万。
首先：
期初发生时先在研发费用归集

借：研发支出-费用化支出 100
-资本化支出 400
贷：银行存款·应付职工薪酬等 500
其次：
期末形成无形资产时假设为2011-7-10
借：管理费用 100
无形资产 400
贷：研发支出-费用化支出 100 
-资本化支出 400

期末摊销时（假设会计与税法摊销方法一致，10年，无残值）

借：管理费用
贷：累计摊销
应纳所得税额=利润总额+纳税调整增加项-纳税调增减少项
假设本年利润总额为1000万元，费用化支出在扣除管理费用100万元的基础上加扣100*50%，纳税调增减少50万元；资本化支出加计摊销400*50%/10*6/12=10万元。
调整后应纳所得税额=1000-50-10=940（万元）