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Centos7安装GBrwose
一、GBrowse概述
Generic Genome Browser(GBrowse)是将基因的数据以网页的形式进行动态展示。其特性有:
- 可以概括和细致地看基因的相关信息
- 可以滚动,放大,居中
- 可以使用预置或自己的数据
- 。。。
GBrowse是一个开源软件,以perl为基础的,GBrowse2.x可以通过CAPN的方式进行安装;在Debian系列的系统中可以使用apt-get方式进行安装。
二、安装
安装GBrowse总的来说有两个步骤- 安装预备软件,做一些预备工作(准备工作略微复杂)
- 安装GBrowse
1. 添加EPEL源及跟新Centos的资源库
#安装并启用EPEL源
yum install epel-release
#生成缓存
yum update
2. 安装预备软件
2.1 yum安装方式
# build utilities
yum install make gcc gmp-devel
#Utilities to help with fetching components distributed in source code
yum install wget git
#apache2
yum install httpd mod_fcgid fcgi-perl
# various Perl modules
yum install perl-GD perl-Module-Build perl-CPAN perl-IO-String perl-Capture-Tiny perl-CGI-Session \
perl-JSON perl-JSON-Any perl-libwww-perl perl-DBD-SQLite perl-File-NFSLock perl-Net-SMTP-SSL \
perl-Crypt-SSLeay perl-Net-SSLeay perl-Template-Toolkit
# bioperl
yum install perl-bioperl perl-Bio-Graphics
#optionally...
yum install mysql-server mysql-libs perl-DBD-MySQL
yum install postgresql postgresql-server perl-DBD-Pg
yum install inkscape
yum install perl-GD-SVG
2.2 CPAN安装:(推荐使用CPAN的方式)
使用yum安装会出现一些问题:
- 对于高版本的Centos没有相应的包
- yum安装的软件版本一般比较低,对于安装一些依赖高版本的软件会出现一些麻烦
#终端输入cpan
cpan
#安装相应的拓展库模块
install GD Module::Build IO::String Capture::Tiny CGI::Session JSON JSON::Any libwww::perl DBD::SQLite File::NFSLock Net::SMTP::SSL Crypt::SSLeay Net::SSLeay Template::Toolkit Bio::Perl Bio::Graphics GD DBD::mysql GD::SVG DBI DBD::Pg Digest::MD5 Statistics::Descriptive Template
注:在CPAN安装过程中可能会报一些test出错的问题,这些并不影响使用,因为有些模块依赖的库有上千个测试中难免会出现错误,所以可以忽略test出现的错误。
3. 安装GBrowse
#未进入CPAN命令行
sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Graphics::Browser2‘
#对于已经进入cpan命令行,直接执行如下命令
install Bio::Graphics::Browser2
安装时会有一些需要自己配置的地方,这里可以直接使用默认的即可
安装GBrowse时可能会报错误,一般是有些依赖没有安装,需要查看提示的安装信息,将软件依次安装即可
三、测试
在浏览器中输入
localhost/gbrowse2
能看到如下的结果就说明距离成功近了
打开测试链接看到如下结果表明安装成功
http://your.host/cgi-bin/gb2/gbrowse/yeast
参考资料:
GBrowse官网: http://gmod.org/wiki/GBrowse
GBrowse Github地址: https://github.com/GMOD/GBrowse
Perl安装BioPerl库网址: http://bioperl.org/INSTALL.html
Linux发行版wikipedia: https://zh.wikipedia.org/wiki/Linux%E5%8F%91%E8%A1%8C%E7%89%88%E5%88%97%E8%A1%A8
EPEL源: https://fedoraproject.org/wiki/EPEL/zh-cn
CPAN包查询: http://search.cpan.org/
Samtools-序列比对/图谱(SAM)格式的工具箱:http://cncbi.github.io/Samtools-Manual-CN/
Centos7安装GBrwose
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