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Centos7安装GBrwose

2024-09-15 16:43:25   217人阅读

一、GBrowse概述
   Generic Genome Browser(GBrowse)是将基因的数据以网页的形式进行动态展示。其特性有：

  • 可以概括和细致地看基因的相关信息
  • 可以滚动，放大，居中
  • 可以使用预置或自己的数据
  • 。。。
   
  GBrowse是一个开源软件，以perl为基础的，GBrowse2.x可以通过CAPN的方式进行安装；在Debian系列的系统中可以使用apt-get方式进行安装。

二、安装
安装GBrowse总的来说有两个步骤
  1. 安装预备软件，做一些预备工作(准备工作略微复杂)
  2. 安装GBrowse

1. 添加EPEL源及跟新Centos的资源库
  1. #安装并启用EPEL源
  2. yum install epel-release
  3. #生成缓存
  4. yum update



2. 安装预备软件
2.1 yum安装方式
  1. # build utilities
  2. yum install make gcc gmp-devel
  4. #Utilities to help with fetching components distributed in source code
  5. yum install wget git
  7. #apache2
  8. yum install httpd mod_fcgid fcgi-perl
  10. # various Perl modules
  11. yum install perl-GD perl-Module-Build perl-CPAN perl-IO-String perl-Capture-Tiny perl-CGI-Session \
  12.             perl-JSON perl-JSON-Any perl-libwww-perl perl-DBD-SQLite perl-File-NFSLock perl-Net-SMTP-SSL \
  13.             perl-Crypt-SSLeay perl-Net-SSLeay perl-Template-Toolkit
  15. # bioperl
  16. yum install perl-bioperl perl-Bio-Graphics
  18. #optionally...
  19. yum install mysql-server mysql-libs perl-DBD-MySQL
  20. yum install postgresql postgresql-server perl-DBD-Pg
  21. yum install inkscape
  22. yum install perl-GD-SVG

2.2 CPAN安装:（推荐使用CPAN的方式）
使用yum安装会出现一些问题: 
  1. 对于高版本的Centos没有相应的包
  2. yum安装的软件版本一般比较低，对于安装一些依赖高版本的软件会出现一些麻烦

  1. #终端输入cpan
  2. cpan
  3. #安装相应的拓展库模块
  4. install GD Module::Build IO::String Capture::Tiny CGI::Session JSON JSON::Any libwww::perl DBD::SQLite File::NFSLock Net::SMTP::SSL Crypt::SSLeay Net::SSLeay Template::Toolkit Bio::Perl Bio::Graphics GD DBD::mysql GD::SVG DBI DBD::Pg Digest::MD5 Statistics::Descriptive Template
注:在CPAN安装过程中可能会报一些test出错的问题，这些并不影响使用，因为有些模块依赖的库有上千个测试中难免会出现错误，所以可以忽略test出现的错误。

3. 安装GBrowse
  1. #未进入CPAN命令行
  2. sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Graphics::Browser2‘
  4. #对于已经进入cpan命令行，直接执行如下命令
  5. install Bio::Graphics::Browser2
安装时会有一些需要自己配置的地方，这里可以直接使用默认的即可

安装GBrowse时可能会报错误，一般是有些依赖没有安装，需要查看提示的安装信息，将软件依次安装即可


三、测试
在浏览器中输入
  1. localhost/gbrowse2
能看到如下的结果就说明距离成功近了
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打开测试链接看到如下结果表明安装成功
  1. http://your.host/cgi-bin/gb2/gbrowse/yeast
技术分享
 
参考资料：
GBrowse官网: http://gmod.org/wiki/GBrowse
GBrowse Github地址: https://github.com/GMOD/GBrowse
Perl安装BioPerl库网址: http://bioperl.org/INSTALL.html
Linux发行版wikipedia:  https://zh.wikipedia.org/wiki/Linux%E5%8F%91%E8%A1%8C%E7%89%88%E5%88%97%E8%A1%A8
EPEL源: https://fedoraproject.org/wiki/EPEL/zh-cn
CPAN包查询: http://search.cpan.org/
Samtools-序列比对/图谱（SAM）格式的工具箱:http://cncbi.github.io/Samtools-Manual-CN/

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