我在Windows Server 2003虚拟机上安装MySQL5.5（社区版）。这个虚拟机之前被别人安装过MySQL5.5和MySQL5.0，但是忘了root密码，所以重装。不出意外的遇到了配置MySQL Instance时MySQLInstanceConfig.exe没有响应的问题。（我记得以前遇到这个问题，就果断换了MySQL5.0，绕开却并未解决）

试了很多方法，有说需要以Administrator身份运行（据说WIN7上安装会是这个问题，而我用的是Windows Server 2003，本来登录的用户就是Administrator），有说要把安装目录和注册表删除干净的，但都没有成功。

最后查看C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini，找到

basedir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.5/"

datadir="C:/Documents and Settings/All Users/Application Data/MySQL/MySQL Server 5.5/Data/"

发现datadir所在的目录的确没有删除干净，于是删除整个目录C:/Documents and Settings/All Users/Application Data/MySQL/，卸载并重新安装，终于成功。

结论：

1、MySQL5.5在安装过MySQL的Windows上的确是出现MySQLInstanceConfig.exe没有响应的问题，MySQL5.0不会。

2、出现该问题的原因的确是上个MySQL实例卸载时没有卸载干净导致的，但清理垃圾最关键的不是注册表而是mysql datadir。