这个问题可以从不同的角度来看，但从结果上来说 ：他们是一样的。
首先，如果从AST（抽象语法树）的角度来看，两者的AST是一模一样的，最终结果都是一次函数调用。因此，就解析器产生的结果论而言，两者是没有区别的。

其次 ，从作用上看，前文已经说了，两者的作用都是创建一个函数并调用之。
那么为什么要创建一个函数并立即调用呢，我想大多数是因为javascript的代码默认在全局环境下执行，在此声明的所有变量都会变成全局变量，这很容易导致全局对象的污染。因此我们不得不找一个办法来隔离这些变量，而函数正好会创建属于自己的作用域，因此创建一个匿名函数并立即调用（有称此为IIFE-Immediately Invoked Function Exprssion-立即调用的函数表达式）成为了一种几乎公认的方案。
随后，又为什么要这么写呢？原因自然是在javascript中有2个语法都与function关键字有关，分别是：
函数定义：function FunctionName(FormalParameterList) { FunctionBody }
函数表达式：function [FunctionName](FormalParameterList) { FunctionBody }
从语法的定义上看，这两者几乎是一模一样的（唯一的区别是函数表达式可以省略函数名称），那么就解释器而言，当遇到这个结构的语句时，判定为函数表达式还是函数定义呢？
就javascript的语法而言，如果一条语句是以function关键字开始，那么这段会被判定为函数定义。而函数定义是不能被立即执行的，这无疑会导致语法的错误（SyntaxError），因此就必须有一个办法，使解析器可以将之识别为函数表达式。
前面已经说到，解析器识别函数定义的条件是以function关键字开始，那么自然，只要在function关键字的前面有任何其他的元素，就会从函数定义转变为函数表达式，以下方法都是可以的，这个大家都知道：
~function() {}();
!function() {}();
void function() {}();

但是这几个方法都有一个特点，就是看起来很别扭，所以现在为止，以括号包裹成了比较公认的方案。
回到正题，括号包裹同样有2个方式：(function() {})();和(function(){}());
他们的共通点是：都有括号。而括号在javascript中有2种作用：确立运算优先级，以及分组运算符（http://es5.github.com/#x11.1.6），从代码上看，显然没有进行数学或逻辑运算，因此我认为这里的括号属于分组运算符。
根据标准，分组运算符的作用是：

Return the result of evaluating Expression. This may be of type Reference. 

返回评估括号中的表达式的结果。结果可能是Reference类型。

抛开像Reference类型这种词汇，这里的一个关键词应当是“ 评估 ”（对evaluate的翻译一直把握不好，姑且这么叫吧），但是关于分组运算符，又有一个很重要的下文：

This algorithm does not apply GetValue to the result of evaluating Expression.

这个算法不会对估算的结果使用GetValue。

有很多专用的名词，看起来确实复杂，简而言之，使用括号运算符本身不会让括号中的代码立即执行，只有当括号包含的这个“分组”参与其他运算时，才会执行。因此，(function(){})()这个语句，其实是首先用分组运算符评估了一个函数表达式，随后参与“函数调用”。而(function(){}())这个语句，则是用分组运算符评估了一个函数调用，随后由于语句的结束而被执行。从语句上来说有细微的差距，当然就结果而言是一样的，最初的AST分析也可以证实这点，分组运算符在AST中完全没有体现出来。