首页 > 代码库 > Bioperl 解析blast的输出结果
Bioperl 解析blast的输出结果
用bioperl 解析blast的默认输出结果, 整理成-m8格式的输出
#!/usr/bin/perluse Bio::SearchIO;my ($blast) = @ARGV;my $searchio = new Bio::SearchIO(-format => "blast", -file => "test.bls");while (my $result = $searchio->next_result) { while (my $hit = $result->next_hit) { while (my $hsp = $hit->next_hsp) { my $query_name = $result->query_name; my $query_length = $result->query_length; my $align = $hsp->homology_string; $align =~ s/ /0/g; my $hit_name = $hit->name; my $identity = sprintf "%0.2f", $hsp->frac_identical * 100; my $mismatch =()= $hsp->seq_inds(‘hit‘,‘nomatch‘); my $gaps = $hsp->gaps; my $align_length = $hsp->hsp_length; my $query_start = $hsp->start(‘query‘); my $query_end = $hsp->end(‘query‘); my $hit_start = $hsp->start(‘hit‘); my $hit_end = $hsp->end(‘hit‘); my $evalue = $hsp->evalue; my $bit_score = $hsp->bits; print qq{$query_name\t$hit_name\t$identity\t$align_length\t$mismatch\t$gaps\t$query_start\t$query_end\t$hit_start\t$hit_end\t$evalue\t$bit_score\n}; } }}
Bioperl 解析blast的输出结果
声明:以上内容来自用户投稿及互联网公开渠道收集整理发布,本网站不拥有所有权,未作人工编辑处理,也不承担相关法律责任,若内容有误或涉及侵权可进行投诉: 投诉/举报 工作人员会在5个工作日内联系你,一经查实,本站将立刻删除涉嫌侵权内容。