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利用circpedia 数据库探究circRNA的可变剪切

circpedia 中收录了利用circexplorer 软件识别到的circRNA, 覆盖了人,小鼠,鸟类,昆虫多个物种的多种细胞系的数据

官网链接如下:

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/about

对于circRNA的来源基因(通常又叫做parent 基因) 来说,其可能产生的circRNA的类型是很多的,来源于同一个parent 基因的circRNA 叫做可变剪切的isoforms

利用数据库的搜索功能,查找在染色体的某一段上存在的circRNA,比如下图所示:

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点击 Search 按钮,可以看到在该染色体区域检测到的circRNA

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以基因 C1orf159 来说,其exon1, exon3, exon5, exon7 都可以通过back-splcing 产生circRNA;

 

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