InstallShield中只有InstallScript工程，将安装包压缩成一个Setup.exe的情况下才可以修改Icon。
具体操作方法是在Release视图中，选择你的Release项，然后选择Setup.exe选项卡，在Single Exe Icon File中设置

InstallShield Basic MSIa工程設置方法:

    1.打開安裝目錄:

    C:\Program Files\InstallShield\2010\Redist\Language Independent\i386

    2.使用Visual studio 2013文件--->打開-->文件

    打開setup.exe、setupce.exe、setupPreReq.exe、setupPreReqW.exe、setupW.exe 和ISP文件夾下的setup.exe

    3.在Visual studio 資源視圖中先將原來的圖片資源屬性ID修改然後添加自已的ICON  更改屬性為100

    4.重新打開Installshield Basic MSI工程編譯生成exe文件

    5.查看圖標已修改

    6.安裝測試

InstallShield 2010 Basic Msi工程更改生成setup.exe Logo