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R 语言中 data table 的相关,内存高效的 增量式 data frame

面对的是这样一个问题,不断读入一行一行数据,append到data frame上,如果用dataframe,  rbind() ,可以发现数据大的时候效率明显变低。

原因是 每次bind 都是一次重新整个数据集的重新拷贝

这个链接有人测试了各种方案,似乎给出了最优方案

http://stackoverflow.com/questions/11486369/growing-a-data-frame-in-a-memory-efficient-manner

library(data.table)dt <- data.table(x=rep(0,1000), y=rep(0,1000))tracemem(dt)for(i in 1:1000) {  dt[i,x := runif(1)]  dt[i,y := rnorm(1)]}

data table 可以说是必备的r package。

这也是我尝试多种方案后最终采用的办法。

这里有介绍data.table 的具体用法

http://cran.r-project.org/web/packages/data.table/data.table.pdf

有个问题,赋值一行 难道用一定要用 dt[x, 1:100 := list(xx)] 这样?

注意RHS 等号右侧一定要是一个List,不能是vector

 

 

另外几个R 的技巧:

  • 时常运行下gc(), 回收内存(这就是为啥你workspace 没有object但内存仍然居高不下的原因)
  • 部分大的object,可以单独save(),需要的时候Load,不要最后存在image 里
  • r中的hash package 很好用
  • 并行我用的是 parallel包,简单易用
  • system.time({  x <- 1:wb2.userNum  cl <- makeCluster(4, outfile=sim.log)  clusterExport(cl, c("set_similarity","printf","wb2.follow2.set", "wb2.userNum"))  results <- parLapply(cl, x, para_func_sim)  print("results ok")  wb2.follow.sim <- do.call(rbind, results)  stopCluster(cl)})

    最后,多利用data table 的statistical 和apply系列函数,真的可以事半功倍!

 

R 语言中 data table 的相关,内存高效的 增量式 data frame