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使用pandas处理大型CSV文件
# -*- coding:utf-8 -*- ‘‘‘ CSV 常用API 1)reader(csvfile[, dialect=‘excel‘][, fmtparam]),主要用于CSV 文件的读取,返回一个 reader 对象用于在CSV 文件内容上进行行迭代。 参数: csvfile,需要是支持迭代(Iterator)的对象,通常对文件(file)对象或者列表(list)对象都是适用的,并且每次调用next() 方法的返回值是字符串(string); dialect 的默认值为excel,与excel 兼容; fmtparam 是一系列参数列表,主要用于需要覆盖默认的Dialect设置的情形 2)csv.writer(csvfile, dialect=‘excel‘, **fmtparams),用于写入CSV 文件。 with open(‘data.csv‘, ‘wb‘) as csvfile: csvwriter = csv.writer(csvfile, dialect=‘excel‘,delimiter="|",quotechar=‘"‘, quoting=csv.QUOTE_MINIMAL) csvwriter .writerow(["1/3/09 14:44","‘Product1‘","1200‘‘","Visa","Gouya"]) # 写入行 输出形式为: 1/3/09 14:44|‘Product1‘|1200‘‘|Visa|Gouya 3)csv.DictReader(csvfile, fieldnames=None, restkey=None, restval=None, dialect=‘excel‘,*args, **kwds),同reader() 方法类似,不同的是将读入的信息映射到一个字典中去,其中字 典的key 由fieldnames 指定,该值省略的话将使用CSV 文件第一行的数据作为key 值。如果 读入行的字段的个数大于filednames 中指定的个数,多余的字段名将会存放在restkey 中,而 restval 主要用于当读取行的域的个数小于fieldnames 的时候,它的值将会被用作剩下的key对应的值。 4)csv.DictWriter(csvfile, fieldnames, restval=‘‘, extrasaction=‘raise‘, dialect=‘excel‘, *args,**kwds),用于支持字典的写入。 ‘‘‘ import csv #DictWriter with open(‘C:\\test.csv‘, ‘wb‘) as csv_file: # 设置列名称 FIELDS = [‘Transaction_date‘, ‘Product‘, ‘Price‘, ‘Payment_Type‘] writer = csv.DictWriter(csv_file, fieldnames=FIELDS) # 写入列名称 writer.writerow(dict(zip(FIELDS, FIELDS))) d = {‘Transaction_date‘:‘1/2/09 6:17‘,‘Product‘:‘Product1‘,‘Price‘:‘1200‘, ‘Payment_Type‘:‘Mastercard‘} # 写入一行 writer.writerow(d) with open(‘C:\\test.csv‘, ‘rb‘) as csv_file: for d in csv.DictReader(csv_file): print d ‘‘‘ Pandas 即Python Data Analysis Library,是为了解决数据分析而创建的第三方工具,,它 不仅提供了丰富的数据模型,而且支持多种文件格式处理,包括CSV、HDF5、HTML 等, 能够提供高效的大型数据处理。其支持的两种数据结构——Series 和DataFrame——是数据处 理的基础。下面先来介绍这两种数据结构。 Series:它是一种类似数组的带索引的一维数据结构,支持的类型与NumPy 兼容。如 果不指定索引,默认为0 到N-1。通过obj.values() 和obj.index() 可以分别获取值和索 引。当给Series 传递一个字典的时候,Series 的索引将根据字典中的键排序。如果传 入字典的时候同时重新指定了index 参数,当index 与字典中的键不匹配的时候,会 出现时数据丢失的情况,标记为NaN。 import pandas #在pandas 中用函数isnull() 和notnull() 来检测数据是否丢失。 >>> obj1 = Series([1, ‘a‘, (1,2), 3], index=[‘a‘, ‘b‘, ‘c‘, ‘d‘]) >>> obj1#value 和index 一一匹配 a 1 b a c (1, 2) d 3 dtype: object >>> obj2=Series({"Book":"Python","Author":"Dan","ISBN":"011334","Price":25},inde x=[‘book‘,‘Author‘,‘ISBM‘,‘Price‘]) >>> obj2.isnull() book True # 指定的index 与字典的键不匹配,发生数据丢失 Author False ISBM True # 指定的index 与字典的键不匹配,发生数据丢失 Price False dtype: bool ?DataFrame :类似于电子表格,其数据为排好序的数据列的集合,每一列都可以是 不同的数据类型,它类似于一个二维数据结构,支持行和列的索引。和Series 一 样,索引会自动分配并且能根据指定的列进行排序。使用最多的方式是通过一个长 度相等的列表的字典来构建。构建一个DataFrame 最常用的方式是用一个相等长度 列表的字典或NumPy 数组。DataFrame 也可以通过columns 指定序列的顺序进行 排序。 >>> data = http://www.mamicode.com/{‘OrderDate‘: [‘1-6-10‘, ‘1-23-10‘, ‘2-9-10‘, ‘2-26-10‘, ‘3-15-10‘], ... ‘Region‘: [‘East‘, ‘Central‘, ‘Central‘, ‘West‘, ‘E ast‘], ... ‘Rep‘: [‘Jones‘, ‘Kivell‘, ‘Jardine‘, ‘Gill‘, ‘Sorv ino‘]} >>> >>> DataFrame(data,columns=[‘OrderDate‘,‘Region‘,‘Rep‘])# 通过字典构建,按照cloumns 指定的顺序排序 OrderDate Region Rep 1-6-10 East Jones 1-23-10 Central Kivell 2-9-10 Central Jardine 2-26-10 West Gill 3-15-10 East Sorvino #Pandas 中处理CSV 文件的函数主要为read_csv() 和to_csv() 这两个,其中read_csv() 读取CSV 文件的内容并返回DataFrame,to_csv() 则是其逆过程。 1)指定读取部分列和文件的行数。具体的实现代码如下: df = pd.read_csv("SampleData.csv",nrows=5,usecols=[‘OrderDate‘,‘Item‘,‘Total‘]) 方法read_csv() 的参数nrows 指定读取文件的行数,usecols 指定所要读取的列的列名, 如果没有列名,可直接使用索引0、1、...、n-1。上述两个参数对大文件处理非常有用,可 以避免读入整个文件而只选取所需要部分进行读取 2)设置CSV 文件与excel 兼容。dialect 参数可以是string 也可以是csv.Dialect 的实例。 如果将图4-2 所示的文件格式改为使用“ |”分隔符,则需要设置dialect 相关的参数。error_ bad_lines 设置为False,当记录不符合要求的时候,如记录所包含的列数与文件列设置不相 等时可以直接忽略这些列。下面的代码用于设置CSV 文件与excel 兼容,其中分隔符为“| ”, 而error_bad_lines=False 会直接忽略不符合要求的记录。 >>> dia = csv.excel() >>> dia.delimiter="|" #设置分隔符 >>> pd.read_csv("SD.csv") OrderDate|Region|Rep|Item|Units|Unit Cost|Total 1-6-10|East|Jones|Pencil|95|1.99 |189.05 1-23-10|Central|Kivell|Binder|50|19.99 |999.50... >>> pd.read_csv("SD.csv",dialect = dia,error_bad_lines=False) Skipping line 3: expected 7 fields, saw 10 # 所有不符合格式要求的列将直接忽略 OrderDate Region Rep Item Units Unit Cost Total 1-6-10 East Jones Pencil 95 1.99 189.05 3)对文件进行分块处理并返回一个可迭代的对象。分块处理可以避免将所有的文件载入 内存,仅在使用的时候读入所需内容。参数chunksize 设置分块的文件行数,10 表示每一块 包含10 个记录。将参数iterator 设置为True 时,返回值为TextFileReader,它是一个可迭代对 象。来看下面的例子,当chunksize=10、iterator=True 时,每次输出为包含10 个记录的块。 >>> reader = pd.read_table("SampleData.csv",chunksize=10,iterator=True) >>> reader <pandas.io.parsers.TextFileReader object at 0x0314BE70> >>> iter(reader).next() # 将TextFileReader 转换为迭代器并调用next 方法 OrderDate,Region,Rep,Item,Units,Unit Cost,Total # 每次读入10 行 1-6-10,East,Jones,Pencil,95, 1.99 , 189.05 1-23-10,Central,Kivell,Binder,50, 19.99 , 999.50 2-9-10,Central,Jardine,Pencil,36, 4.99 , 179.64 2-26-10,Central,Gill,Pen,27, 19.99 , 539.73 3-15-10,West,Sorvino,Pencil,56, 2.99 , 167.44 4-1-10,East,Jones,Binder,60, 4.99 , 299.40 4-18-10,Central,Andrews,Pencil,75, 1.99 , 149.25 5-5-10,Central,Jardine,Pencil,90, 4.99 , 449.10 5-22-10,West,Thompson,Pencil,32, 1.99 , 63.68 4)当文件格式相似的时候,支持多个文件合并处理。以下例子用于将3 个格式相同的 文件进行合并处理。 >>> filelst = os.listdir("test") >>> print filelst # 同时存在3 个格式相同的文件 [‘s1.csv‘, ‘s2.csv‘, ‘s3.csv‘] >>> os.chdir("test") >>> dfs =[pd.read_csv(f) for f in filelst] >>> total_df = pd.concat(dfs) # 将文件合并 >>> total_df OrderDate Region Rep Item Units Unit Cost Total 1-6-10 East Jones Pencil 95 1.99 189.05 1-23-10 Central Kivell Binder 50 19.99 999.5 ‘‘‘
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