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bowtie2用法

 bowtie2的功能:短序列的比对

用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>]

 

-x <bt2-idx>:参考基因组的索引路径

{-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}:比对的reads路径。-1,-2是针对PE reads;-U是针对SE reads(unpaired)

[-S <sam>]:输出文件路径

 

常用options:

-q:输入文件为.fastq格式,默认选择。

-f:输入文件为.fa/.mfa文件

--end-to-end       entire read must align; no clipping (on) #比对是将整个read和参考序列进行比对. 该模式--ma的值为0,与--local 是非彼即此关系,默认选择。

 --local            local alignment; ends might be soft clipped (off) #该模式下对read进行局部比对, 即read两端的一些碱基不比对,使比对得分满足要求. 该模式下–ma默认为2. 与--end-to-end 是与非彼即此关系,默认缺省。

 

参考文章:

http://bio-infor.blog.163.com/blog/static/1072798152014397554959/

bowtie2用法