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23andme、gsa、wegene各染色体位点统计
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shell还没入门，确切的说是还没学，用python3写了个小脚本统计23andme、gsa、wegene各染色体位点.
代码如下：
23andme:
chromesomeset = set()
snp = {}
for x in range(1,24):
snp[str(x)] = 0
snp[‘X‘] = 0
snp[‘Y‘] = 0
snp[‘MT‘] = 0
print(snp)
chromesome = ‘‘
inf = open(‘genome_jun_v3_Full_201608225359.txt‘)
for line in inf: if line.startswith(‘r‘): #snp_name = line.strip().split(‘\t‘)[0] chromesome = line.strip().split(‘\t‘)[1] chromesomeset.add(chromesome) snp[chromesome] += 1 #print(chromesome) #print(snp[%s % str(chromesome)]) sorted(snp.keys()) for chromesome in chromesomeset: print(chromesome, ‘\t‘, snp[chromesome])
gsa的同上，稍做一两处调整。
wegene的没有源数据，找的生信菜鸟团jimmy的shell
cut -f 2 jimmy_wegene.txt | unique -c |grep -v "^#"
# 结果分析
从图中可以看出，毕竟23andme是最早做的，位点最多，但是，现在来讲，大约也就上千个点可以被解读，所以意义不大。但是，国内公司的还是引入了中国人的特征位点的，更具有人群优势，适合国人的基因检测，现阶段，大概也就这样了，不知何时可以每个人做全外或全基因检测。
23andme、gsa、wegene各染色体位点统计
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