1、myisam可以对索引进行压缩，innodb不压缩
2、索引都用b-tree， innodb使用 b+tree,NDB Cluster使用 T-Tree.
3、myisam 表级锁， innodb 行级锁 支持mvcc （多并发版本控制）行级锁的升级，多事务并发的数据一致。采用快照的形式。
4、myisam 号称读速度比Innodb要快 且支持 读写并发（select的时候 同时insert）
5、InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
6、索引方式不一样 MyISAM的索引方式是非聚集 ，Innodb 聚集索引.
MyISAM 索引文件 和 数据文件是分开的，索引文件仅保存数据记录的地址。
Innodb 索引文件和数据文件在一起。
innodb的数据文件本身要按主键聚集，所以InnoDB要求表必须有主键（MyISAM可以没有）。如果没有会把第一个唯一索引当做主键。如果没有唯一索引，就自动生成一个隐藏列，类型为长整形。
7、 MyISAM的辅助索引和主键索引 data部分都是指向数据的指针，innodb 的data部分是主键的值而不是地址。这就让innodb 如果不是主键索引就要先找辅助索引再找主键索引。 所以不建议用过长的索引做主键，会使其他辅助索引都变得很大。
8、myisam 支持全文索引，innodB不支持 全文索引
9、任何改变表结构的操作都会让innodb重新建表，包括改变索引。
10、innodb有外键约束，这个功能是mysql服务器本身不具备的。