卡片允许在可用空间内建立自己的文件系统。支持多层目录结构。在同层目录中文件不能有相同的ID（标识符）。

数据文件中数据元以记录方式或二进制方式存储，文件结构及引用方式由文件的用途决定。除目录文件外，数据文件的内容和布局在《社会保障（个人）卡规范》第6部分：应用数据结构中说明，也可由发卡方补充定义。

1. 文件类型

三种专用文件（DF）类型：

? MF：根目录，是整个文件系统的根，同属应用环境类。MF下可以有EF（基本文件）、SF（安全文件）、DDF(目录文件)、ADF（应用文件）；

? DDF：目录文件，用于定义一个应用环境，它是应用的集合。DDF下可以有ADF、子DDF、EF、SF、公钥文件和私钥文件等结构。

? ADF：应用文件，用于定义具体应用。ADF下可以有EF、SF、公钥文件和私钥文件。

     一个AEF包含有一个或多个原始BER-TLV数据对象（记录结构的AEF），或一个非结构化的纯数据元（透明结构的AEF）。在选择了某一应用后，AEF既能通过其文件标识符进行查询，也可以通过其短文件标识符（SFI）进行查询。记录结构的AEF具有如下属性：记录的长度是固定的或是可变的；记录的组织结构是线形结构或循环结构。

四种基本文件（EF）类型：

? 透明文件：文件数据是通过连续空间中的字节地址进行存取。

? 记录文件：数据以固定长度格式记录在文件中，文件内最多可以容纳255条记录。以明文方式存取时，最大记录长度可以为255个字节。记录文件有以下几种形式：

1)  线性定长记录文件：同一文件内的所有记录都是等长度的。

2)  线性变长记录文件：同一文件内的每个记录的长度可以不相等。

3)  循环定长记录文件：同一文件内的所有记录都是等长度的。支持对文件中的记录循环存取。

? 交易文件：该类文件为特定格式文件。通过交易命令对这类文件进行操作。 交易文件有以下几种形式：

1)  个人帐户文件：完成帐户划入和医疗消费交易。执行帐户划入交易前须提交用户口令。适用于社保环境。

2)  电子存折文件：完成圈存、消费等交易。执行交易命令前须提交用户口令。适用于金融环境。

3)  电子钱包文件：完成圈存和消费交易。执行圈存交易前须提交用户口令。适用于金融环境。

? 安全文件类型（SF）：

1)  安全文件：该文件只能写入不能读出。文件内可存放密钥或口令。

 2. 文件查询

依照其类型，文件可以通过文件名、文件标识符或SFI进行查询。

1)   文件名查询：卡中的任何ADF或DDF可通过其DF名查询，ADF的DF名对应其AID，每个DF名在给定的卡中应是唯一的。

2)   文件标识符查询：卡中的任何ADF、DDF或AEF可通过其文件标识符查询，每个DF的文件标识符在给定的卡中应是唯一的，AEF的文件标识符在一个给定的应用中必须是唯一的。

3)   SFI查询：SFI用于选择AEF。对给定应用中的任何AEF，可以通过SFI（5位代码，取值范围从1~30）查询。SFI的编码在每个用到它的命令中描述。 在一个给定的应用中SFI应是唯一的。专用SFI的使用由应用决定。

3. 目录文件

社会保障系统目录文件是一个线性文件，用5到15的短文件标识符（SFI）标识。该目录文件附属于DDF，目录文件的SFI包含在DDF文件控制信息中。目录文件可以使用“READRECORD”命令进行读取。目录文件中一个记录可以包含几个入口地址，但一个入口地址不能跨越多个记录存储。社会保障系统目录文件的每一个入口地址都是一个应用模板(61标记)。

在IC卡中社会保障系统外的其他目录是可选的，且不限制它们存在的数量。其中每个目录的位置由包括在每个DDF中的FCI的目录SFI数据对象指定。如果不存在目录文件，则认为社会保障卡中包含了《社会保障（个人）卡规范》所定义的所有应用。

DDF目录入口地址格式如下：

ADF目录入口地址格式如下：

终端可以通过使用社保环境目录文件来确定卡片所支持的应用。终端正确使用社保目录文件的步骤如下：

1)  终端进入社会保障系统环境后，如果目录文件不存在，转至步骤5）；如果目录文件存在，则进入目录文件。

2)  终端从第一条记录开始，连续读目录中的所有记录，直到卡返回‘6A83’，表示所需记录序号已不存在。在执行“READ RECORD”命令查找第一个记录时，如果卡回送SW1 SW2=‘6A83’，则表示目录为空，转至步骤5）。

3)  如果目录中某个ADF名与终端支持的一个应用名相符，则将该应用列入最终应用选择的“候选名单”中。

4)  如果目录中出现一个指向DDF的入口地址，且该DDF的名称至少与一个终端所支持的AID的前几位匹配（例如：一个名为D156123456的DDF可与一个名为D15612345678的AID匹配），则终端选择该DDF。使用所选DDF的文件控制信息（FCI）中的目录短文件标识符（SFI）读出目录并按步骤3处理，之后终端继续回到上一个目录处理。

5)  当终端处理完社会保障系统环境目录的列表后，所有能够按此方式找到的ADF就确定了，查找完毕。

6)  终端也可以采用其他方式寻找卡内其他的专用应用（例如用AID找出本地特有的或非社会保障应用的专用选择方式），但不在本规范范围之内。