tomcat在启动时，会读取环境变量的信息，需要一个CATALINA_HOME 与JAVA_HOME的信息，CATALINA_HOME即tomcat的主目录，JAVA_HOME即Java安装的主目录，jdk的主目录。
首先，要在环境变量处，配置JAVA_HOME，注意变量值是jdk的主目录，不是bin目录，并且不要加分号，如图：


然后，如果这样配置，startup.bat还是一闪而过，可以右键点击startup.bat，编辑，在文本的最后敲上pause，保存后重新运行startup.bat，这时候窗口不会再一闪而过，而是停留在桌面上（调试成功，把pause去掉即可）。

如果有错误信息，这时候会显示出来，可以再根据它的错误提示，上网搜索对应的解决办法，下面是在错误提示窗口遇到过的问题：
一、 Neither the JAVA_HOME nor the JRE_HOME environment variable is defined
Tomcat的startup.bat，它调用了catalina.bat,而catalina.bat则调用了setclasspath.bat，只要在setclasspath.bat的开头声明环境变量(下面设置的两行路径)就可以了，原因是后来较新版本安装完不会自动登记环境变量JAVA_HOME，JRE_HOME。
给setclasspath.bat的开头添加下面两行内容，如下：
rem ---------------------------------------------------------------------------
rem Set CLASSPATH and Java options
rem
rem $Id: setclasspath.bat 509933 年-月-日 01:00:00Z jfclere $
rem ---------------------------------------------------------------------------

set JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_20
set JRE_HOME=C:\Program Files\Java\jre6

rem Make sure prerequisite environment variables are set
if not "%JAVA_HOME%" == "" goto gotJdkHome
if not "%JRE_HOME%" == "" goto gotJreHome
echo Neither the JAVA_HOME nor the JRE_HOME environment variable is defined
echo At least one of these environment variable is needed to run this program
goto exit

这样在每次运行startup.bat时就自动注册了JAVA_HOME，JRE_HOME。
运行startup.bat，提示“信息：Server startup in xxxxx ms”  OK 大功告成。
二、Cannot find ""d:\apache-tomcat-6.0.32"\bin\setclasspath.bat"
这个时候，可能是CATALINA_HOME的值在某个地方被写死了，像我的绿色版tomcat在bin文件下多了一个setenv.bat的文件，打开一看果然是在这里面被写死了CATALINA_HOME的路径，这应该是为了某种原因被人后加上的设置文件，把这个文件删除之后，tomcat可以正常运行了。

这种情况，可以去看catalina.bat中的配置，如下图，可能配置死的内容就在这个文件里。

tomcat启动startup.bat一闪而过的问题处理方式