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tablet 的使用

之前一直用jbrowse  发现有些信息展示的不准确,如浏览一个bam文件的比对情况。在某一位点,深度为1000,但是浏览器显示的小于1000,并且read也经常会缺少。所以果断放弃jbrowse,用tablet。经过对比发现,在jbrowse显示错误的地方tablet显示的是正确的。

并且tablet可以在windows系统下。安装更加容易,也不需要什么配置文件。下面说说tablet的主要使用方法。

首先导入你的参考序列。ctrl + o

然后直接将你的bam文件拖到软件中即可,注意bam文件需要index文件也存在。

tablet和jbrowse一样,一次只能看一条序列。在最左侧的contigs browser panel中选择想要查看的序列。

除了contig名字之外,还有reads数, contig长度。在下方有过滤选项,可以只显示你想看的contig。

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panel的最右侧是搜索,即可以搜reads,也可以搜subsequence. combo box下面可以选择是否在当前contig搜索.

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如果勾选ignore pads when seaarching.

the search term ACGT will match the following sequences:

A

C

G

T

A

C

*

G

T

A

C

*

*

*

*

G

T

A

C

N

G

T

   

 

overview panel会显示覆盖度等信息,打开和关闭在Advanced:

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还可以调节是否显示坐标,覆盖度的显示方式。覆盖度有两种显示方式,一种是scaled data overview(不精细),另一种是coverage overview(显示的更加精细)。单击右键可以选择覆盖度模式,也可以直接点击advanced中的scaled和coverage来选择。

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在overview panel中直接点击鼠标左键,即可快速到达你想看的地方。你看到的就是红框所在地,也可以拖动红框来移动。

 

在overview panel 下方可以直接查看比对信息,在Color schemes中可以选择模式,如nucleotide模式,read  type模式,direction模式,鼠标放在每个模式上会显示帮助信息。

覆盖度上面的那个bar是bam bar, 白色的代表目前的位置,灰色的代表之前的位置。

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右击一个碱基,可以选择outline: 有read(将这个碱基所在read圈起来), row(将这个碱基所在的整行圈起来), column(将这个碱基所在的整列圈起来)。取消所有标记选择clear all.

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浏览的话直接按住左键拖动鼠标即可。放大缩小可以按ctrl滚动鼠标滚轮。

 

鼠标悬浮某个read上会显示read的信息。前体是read info打开:

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悬浮的信息中,包含read name, 起始, read是正向(绿色)还是反向(蓝色)。如果是paired-end数据,1/2代表第一个read,2/2代表第二个read。

 

遗憾的是不能定位,比如我想看1234435坐标处的情况,必须手动去移动找到该位置,而不能想jbroswse那样直接输入即可。。。

更详细的说明文档,请参考官网:http://bioinf.hutton.ac.uk/tablet

 

by freemao

FAFU

free_mao@qq.com