Win7中(RHDF5)bioConduct安装技巧及installed directory not writable问题解决

2024-07-20 00:14:19 210人阅读

为了在R中读写HDF5文件，需要安装rhdf5包。常规方法是在R中运行：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("rhdf5")

但是这样会自动连国外的服务器下载安装所需的软件包。而我的改进方法如下：

1、用浏览器访问http://bioconductor.org/biocLite.R，将文件保存到本地

2、编辑本地的biocLite.R, 将第三行和第八行的注释符去掉，内容改为：

options("repos" = c(CRAN="http://mirror.bjtu.edu.cn/cran"))

options("BioC_mirror" = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

这样就会连国内的服务器下载包，速度会比较快。

3、在R中运行

> source("biocLite.R")
> biocLite("rhdf5")

即可安装rhdf5包。

另外安装时可能碰到报错：installed directory not writable,cannot update packages...

我的解决办法是以管理员身份启动R运行环境或RStudio，再进行安装。

Win7中(RHDF5)bioConduct安装技巧及installed directory not writable问题解决

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