Waf是基于Python开发的编译工具，ns-3系统本身和将要写的仿真代码都由waf负责编译运行。

Scratch目录一般存放用户脚本文件，也可以把要运行的例子拷贝到该目录下。

Example是ns-3提供的关于如何使用ns-3的例子，包含许多模块的使用。

Doc目录是帮助文档，可以使用./waf --doxygen编译本地Doxygen文档。

Build目录是ns-3编译目录，包含编译文件时使用的共享库和头文件（build/ns3）。

Src是ns-3源码目录。

模块里面的wscript文件结构是固定的，用来注册模块中包含的源码和使用其他模块情况。Model目录包含模块代码的.cc和.h文件。Helper目录存放的是模块对应的helper类代码的源文件。Test目录包含的是模块设计者编写的模块测试代码，而examples目录存放的是应用该模块的实例代码。Doc是帮助文档，bindings目录是模块用来绑定Python语言的。

常用模块：

Core：ns-3的内核模块，实现了ns-3的基本机制，如智能指针（Ptr）、属性（attribute）、回调（callback）、随机变量（random ariable）、日志（logging）、追踪（tracing）和事件调度（event scheduler）等内容。

Network：网络数据分组（packet）的模块，一般仿真会用到。

Internet：实现了关于TCP/IPv4和IPv6的相关协议族，包括IPv4、IPv6、ARP、UPP、TCP、邻居发现和其他相关协议，目前大多数网络都是基于Internet协议栈的。

Applications：集中常用的应用层协议

Mobility：移动模型模块

Topolopy-read：读取指定轨迹文件数据，按照指定格式生成相应的网络拓扑。网络协议时能量不得不考虑。

Status：统计框架模块，方便ns-3仿真的数据收集、统计和分析。

Tools：统计工具，包括统计作图工具gnuplot的接口和使用。

Visualizer：可视化界面工具PyViz

Netanim：动画演示工具Netnim

Propagation：传播模型模块

Flow-monitor：流量监控模块。

下面是几种典型的网络模块。

Point-to-point：实现点对点通信的网络

CSMA：实现了基于IEEE802.3的以太网络，包括MAC层、物理层和媒体信道。

Wifi：如何实现基于IEEE 802.11 a/b/g的无线网络，可以是有基础设施的也可以是ad hoc网络。

Mesh：实现基于IEEE 802.11s的无线mesh网络。

Wimax：实现了基于IEEE802.16标准的无线城域网络。

LTE：（long term evolution，长期演进）是第三代合作伙伴计划（3GPP，3rd generation partnership project ）主导的通用移动通信系统（UMTS，universal mobile telecommunications system）技术的长期演进。

UAN：ns-3的水声通信网络（UAN，underwater acoustic network）模块，能仿真水下网络场景。实现了信道、物理层和MAC层。

对新技术：

Click：ns-3中集成的可编程模块化的软件路由（the click modular router）。

Openflow：在ns-3中仿真OpenFlow交换机。

MPI：并行分布式离散事件仿真，ns-3实现了标准的信息传递接口（MPI，message passing interface）。

Emu：ns-3可以集成到实验床和虚拟机环境下。