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上周20161021-20161028的任务还没有搞完，所以今天来填坑（微笑脸）

××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××

本文参考：https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2

MetaPhlAn2是使用宏基因组鸟枪法测序数据描绘微生物群落组成的工具。

ps: 与系统发育相关的图的表示

安装：

1. 下载并解压 2. 修改/etc/profile，添加路径 3. 直接使用metaphlan2.py

4. 使用这种命令时要给出bowtie2的路径--bowtie2_exe<bowtie2>.

××××××××××××××××××××××××××啦啦啦××××××××××××××××××××××××××××

帮助信息：metaphlan2.py -h | less使用上下箭头滚动查看，q退出。

实验内容：

Step 0 : 下载数据（右键，copy link address）

mkdir mytest

cd mytest

wget https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/raw/tip/demos/biobakery_demos/data/metaphlan2/input/SRS014459-Stool.fasta.gz

Step 1: 使用单个reads文件作为输入

metaphlan2.py SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz  --input_type fasta > SRS014476-Supragingival_plaque_profile.txt

bowtie2out.txt： intermediate mapping results to unique sequence markers
可以用这个命令查看（不过我觉得用gedit也可以啊==除非是命令行）
less -S SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz.bowtie2out.txt
profile.txt：最终的结果

解释：
1. 这就是对分类的描述：Kingdom: k__, Phylum: p__, Class: c__, Order: o__, Family: f__, Genus: g__, Species: s__
2. 数字是百分比
3. OTU equivalents can be extracted by using only the species-level s__ clades from this file (again, making 
sure to include clades unclassified at this level).

Step 2: 多线程处理--nproc命令

metaphlan2.py SRS014459-Stool.fasta.gz --input_type fasta --nproc 4 > SRS014459-Stool_profile.txt

Step 3: 多输入处理

for f in *.fasta.gz
do
    metaphlan2.py $f --input_type fasta --nproc 4 > ${f%.fasta.gz}_profile.txt
done

Step 4: 合并结果（使用utils/merge_metaphlan_tables.py脚本）

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/merge_metaphlan_tables.py *_profile.txt > merged_abundance_table.txt

可以用LibreOffice Calc查看。。。因为数据多，有点丑。大概如下图，前面是分类信息，后面是几个文件的数量信息。

Step 5: 数据可视化，heatmap

(1) 安装brew

sudo apt install linuxbrew-wrapper

(2) 安装hclust2 

brew tap biobakery/biobakery

brew install hclust2

安装失败。。。问题诡异。。。所以我决定先安装R语言包，用里面的函数heatmap什么的来画。

安装R参见：

(3) 产生物种species丰度表（只有物种层面的）

使用命令：grep -E "(s__)|(^ID)" merged_abundance_table.txt | grep -v "t__" | sed ‘s/^.*s__//g‘ > merged_abundance_table_species.txt

命令解释：

1. grep是按指定模式输出的一个软件（库），参考用户手册：http://www.gnu.org/software/grep/manual/grep.pdf

2. 

安装生物信息学软件-MetaPhlAn2