samtools： Utilities for the SAM format

下面介绍一下samtools 常用的功能：

1，对fasta文件建立index

samtools faidx ref.fasta

2, 将sam文件转化为bam文件

samtools view -bS in.sam > in.bam

3, 查看bam文件的head信息

samtools view -H in.bam

4, 将bam文件进行sort

samtools sort aln.bam anl.sorted   #默认是根据coordinate进行sort， 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam

5, 去除bam文件中pcr导致的重复reads信息

samtools rmdup in.bam in.rmp.bam

6,  合并bam文件

samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam # 假如in1.bam, in2.bam, in3.bam是某个某样本的三个重复，我们可以将他们合并为一个bam文件。

samtools merge -R chr1 out.bam in1.bam in2.bam in3.bam   #  如果想对部分合并，如至合并一号染色的上的bam文件合并，chr1必须为序列的名字，一号染色体序列的名字为Chr1，那么就应为-R Chr1

7, 对bam文件建立index

samtools index in.bam  #结果文件名为in.bam.bai

8, 用samtools call snp

另见其他博文