1， 如果是DNA数据， 那就是选择标准的参考基因组。

2， 如果是RNA-seq数据， 能否用参考基因组的cDNA 数据呢？ 答案是否定的，

因为存在着选择性剪切，所以，一个基因可能对应着多个mRNA, 那么你进行比对的时候很容易

出现一个read 比对到多个地方， 这种情况可能会导致比对结果出现误差。不利于Call SNP,

况且cDNA不一定准确，但模式生物的基因组一般都很准确，如水稻的9311（籼）和Nipponbare（粳）。

参考基因组应该选择标准的全基因组。

附水稻参考基因组下载地址

Nipponbare：

ftp://ftp.jgi-psf.org/pub/compgen/phytozome/v9.0/Osativa/assembly/

http://rice.plantbiology.msu.edu/annotation_pseudo_current.shtml（下载速度极慢）

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html（较快）

93-11：

http://rice.genomics.org.cn/rice/link/download.jsp

参考基因组应该选择标准的全基因组。