最近Tanger师兄让我看一个大豆基因组重测序的文章，里面call snp使用的是SOAP2等相关的软件，于是想自己摸索，写个call snp的流程出来，也算是一次尝试吧，写的不好不要见笑

    soap是华大开发的一个系列软件，全称是Short Oligonucleotide Analysis Package，我理解的中文意思是短寡聚核苷酸序列分析包，soap有很多功能，我也在慢慢摸索学习，先说下我用到的两个软件SOAPsnp和SOAPaligner，分别用来call snp和mapping的，安装很简单，根据系统的版本在官网下载最新版本的软件，解压后即可使用，建议加入环境变量，不然用起来麻烦。接下来说下使用，SOAP2和GATK不同地方之一是：soap很多功能都是分开的，估计开发者是为了提高它的稳定性和准确性，最先需要对参考基因组建立索引，这需要用到SOAPaligner里面的一个工具2bwt-builder，专门用来对参考序列索引的。

2bwt-builder ref.fasta

运行完了之后会生成许多文件

不晓得为啥这个方法建立索引需要好久，可能是大豆基因组比较大吧。

由于我的数据是从ncbi上下载的，格式都是sra格式，现在需要用工具将其变成fastq格式，这需要安装ncbi上的一个sratoolkit来处理，解压即可使用，无需安装，有一个问题是，我在window系统下下载的然后再上传到服务器上，这样导致名字没sra后缀，这样这个工具会报错，所以需要先写个脚本或者直接用正则将名字全部更改，再用sratoolkit里面的fastq-dump处理，

call snp protocol by SOAP2