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clustal
Clustal, Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences. official website: http://www.clustal.org/
使用biopython, 有相应的接口可以直接调用clustalw.
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline# the path of clustalwclustalw_exe = r‘clustalw2.exe‘# the command of clustalwclustalw_cline = ClustalwCommandline(clustalw_exe, infile=pairFile)# run the commandstdout, stderr = clustalw_cline()
结果会直接生成aln文件，名字和infile名字一样，后缀为aln。
也可以直接使用biopython中的接口解析结果文件。
from Bio import AlignIOalign = AlignIO.read("opuntia.aln", "clustal")print align
clustal
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