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多序列比对

2024-10-27 03:52:02   209人阅读

 

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多序列比对（或多序列联配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。这样做的意义是，对齐的碱基或氨基酸残基在进化上是同源的，即来自共同祖先（common ancestor）。下图是一个 MSA 的例子。

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MSA 有许多用途，如构建系统发育树，选择压分析，基因家族的保守结构域分析，motif 分析等。

MSA 分析的软件有很多，如 mafft（http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/），muscle（http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm），probcons（http://probcons.stanford.edu/），T-coffee（http://tcoffee.crg.cat/），clustalw（http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/）等。

从软件的速度和准确性出发，mafft 和 muscle 是不错的选择。这里介绍 mafft 的使用方法。

mafft 安装（非 root）

  • 下载

  • wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.310-with-extensions-src.tgz
  • 解压
  • tar -zxvf mafft-7.310-with-extensions-src.tgz
  • 编辑 Makefile 文件的第一行

  • cd mafft-7.310-with-extensions/core/

    vim Makefile (或用 nano 等进行编辑)

    编辑：

    PREFIX = /usr/local

    为:

    PREFIX = /home/your_home/somewhere

    （如：PREFIX = /home/liuhui/bin/mafft-7.310

  • 编译和安

  • make

    make install

  • 安装最后安装在 /home/liuhui/bin/mafft-7.310/bin 下，将这个路径放到 .bashrc 中即可

  • mafft 使用方法

    mafft 的一般用法为：

  • mafft [arguments] input > output

  • input 可以是 fasta 格式的蛋白质或核苷酸序列。

    对于 200 条序列以内且序列长度小于 2,000 bp 或 aa 的文件，可以使用 mafft-linsi

  • mafft-linsi input > output
  • 文件较小时，也可以使用在线版：http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

 

 

 

 

 

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