用过的比对软件不多，只知道简单的全局比对和局部比对算法，比对软件的原理基本是不知道的。

现在用过的比对软件：

bwa

bowtie

blasr

blast

blat

慢慢积累，比较这些软件的不同，因为生物信息最底层的就是比对，测序拿到一堆序列，第一件要做得事情就是比对。

先看一篇好文：Aligner tutorial: GMAP, STAR, BLAT, and BLASR

比对软件 - 总结