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Numpy 以及 Scipy 安装
1,安装软件途中需要安装这俩,首先升级下python到2.7 or newer
从python官网下载相应的source package,
$tar -xJf Python-2.7.xz
$cd Python-2.7
$./configure --prefix=$HOME/python-2.7/ --enable-shared
#这里安装在自己的工作目录下, 避免影响其他人;而后者的shared的选项,我记得是默认打开的;
$make; make install
#不需要root previlidge就可以安装了
2,阿西吧, nose
安装了python2.7,编译时发现缺少nose,继续安装之:
$tar -xzf nose-1.3.4.tar.gz
$cd node-1.3.4
使用刚才安装的python来运行setup.py
$~/python2.7/bin/python2.7 setup.py install
3,机器上啥都没有,还要继续安装lapack
现在lapack最新版本,3.5.0,在我所处的网络环境中,下载极其令人发指的缓慢,还多次自动断了。。。。发现百度云盘有个离线下载,不错,刷刷的下完。
这个真不是广告,留念。。。好用,留念。
$tar -xzf lapack-3.5.0.tar.gz
$cd lapack-3.5.0
$cp make.in.example make.in
$vim make.in
第一次安装,修该make.in
FORTRAN = gfortran
OPTS = -O2 -frecursive
DRVOPTS = $(OPTS)
NOOPT = -O0 -frecursive
LOADER = gfortran
这里我选用gfortran,这货已经兼容f77和f95,省心。
$vim Makefile
all: lapack_install lib blas_testing lapack_testing
#lib: lapacklib tmglib
lib: blaslib variants lapacklib tmglib
需要lib中的那几个静态库的生成
$make
$make lapacke
$sudo cp *.a /usr/local/lib
$sudo cp lapacke/include/*.h /usr/local/include
4,阿西~~需要安装atlas库
下载源码包,解压,
$tar -xzf atlas-xx.tar.gz
$cd ATLAS
$mkdir build; cd build
$../configure -b 64 -Fa alg -fPIC --shared --with-netlib-lapack-tarfile=/home/User_name/lapack-3.5.0.tgz --prefix=/home/User_name/atlas
$make
这个时间,如很多人所言,非常的长,可以洗个澡睡个觉再发个呆,估计也没结束。。我是下午五点开始编译次日清晨来打扫现场,额,完毕了
$make check
$make time
$make install
由于之前指定了安装路径在个人的/home 之下,所以就不需要root previlege
哦,对了,当前仍在build/ 目录下,作:
$fgrep "F77 = " Make.inc
我的结果是: F77 = /usr/bin/gfortran
后面编译时,尽量保持这个编译器的一致性,避免不必要的麻烦。。
5,安装Suite_Sparse库
额,有趣;首先现在源码,没什么好说的
$tar -xzf SuiteSparse-4.4.3.tar.gz
$cd SuiteSparse
$vim SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.mk
修改OpenBLAS的选项,(哦, 对了,您得安装好这个哎,不过我已经完成,在安装th时做的。)
# OpenBLAS
BLAS = -lopenblas -L/opt/OpenBLAS/lib #因为我的OpenBLAS安装在此了
后来SuiteSparse,安装在默认的路径下了:/usr/local/lib + /usr/local/include/ ,这是主要考虑到大家都会用到他,当然你也可以修改上述的.mk文件,配置自己的路径
6,安装Numpy
下载源码包,
$tar -xzf Numpy-1.9.1.tgz
$cd Numpy-1.9.1
看到不少资料建议此时修改site.cfg,来完成后续编译,如果是懒人,可以酱紫:
$~/python2.7/bin/python2.7 setup.py build --fcompiler=gnu95 --force,
不过后续有很多麻烦,还会回退到这里。
但是如果勤快……… ^_^:
$cp site.cfg.example site.cfg
$vim site.cfg
[DEFAULT]
library_dirs = /usr/local/lib:/home/My_name/atlas/lib
include_dirs = /usr/local/include:/home/My_name/atlas/include
[blas_opt]
libraries = f77blas, cblas, atlas
[lapack_opt]
libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas
[openblas]
libraries = openblas
library_dirs = /opt/OpenBLAS/lib
include_dirs = /opt/OpenBLAS/include
然后,保存退出,继续编译,记得之前python2.7的安装路径,以及所使用的是gfortran进行编译的,
$~/python2.7/bin/python2.7 setup.py build --fcompiler=gnu95
$~/python2.7/bin/python2.7 setup.py install
7,安装scipy
下载源码包,这样安装最粗暴
$tar -xJf scipy-0.15.1.tar.xz
$cd scipy-0.15.1/
之前看到不少文档说,这里可以修改site.cfg,可是没有啊。。。于是,就直接把之前numpy中的site.cfg拷贝过来充数
$cp ../Numpy-1.9.1/site.cfg ./
阿西吧,坑爹啊,肿么没人告诉我。。
$~/python2.7/bin/python2.7 setup.py build --fcompiler=gnu95
能跑下去,那就继续,这是一个蛋疼的历史过程,去研究下其他代码或者写稿报告神马的,只要不虚度年华。。
$~/python2.7/bin/python2.7 setup.py install
========= 我不是分割线 ===============
测试下呗,看人品如何:首先逃离原来的scipy安装目录
$cd ../
翱翔:
$~/python2.7/bin/python2.7
>>>import nose
>>>import numpy
>>>import scipy
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