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题意：给定两个字符串，求它们对齐匹配的最大值

要求：可以两个字符匹配，也可以一个字符和‘-’匹配，

但是不能两个‘-’匹配，例如：

AGTGATG

GTTAG

这两个字符串可以看成是

AGTGATG

-GTTA-G

也可以看成是

AGTGAT-G

-GT--TAG

分析：这是一个变形的最长公共子序列,最优解:

1.取字符i-1和j-1的时候dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+a[s1[i-1]][s2[j-1]];
2.取字符i-1,不取j-1的时候dp[i][j]=dp[i-1][j]+a[s1[i-1]][‘-‘];
3.取字符j-1,不取i-1的时候dp[i][j]=dp[i][j-1]+a[‘-‘][s2[j-1]];

而dp[i][j]取这三个值的最大值就可以了

当然初始化的时候dp[0][0]=0;
但是因为每个字符都要和一个字符对齐，当然不包括‘-‘和‘-‘两个字符对齐
所以当dp[0][i]的时候就代表s2[i-1]与‘-‘对齐，

所以dp[0][j]=dp[0][j-1]+a[‘-‘][s2[j-1]];
同理dp[i][0]=dp[i-1][0]+a[s1[i-1]][‘-‘];

#include<stdio.h>
int dp[105][105],m,n;
char s1[105],s2[105];
int a[5][5]={5,-1,-2,-1,-3,-1,5,-3,-2,-4,-2,-3,5,-2,-2,-1,-2,-2,5,-1,-3,-4,-2,-1,0};
int getid(char c)
{
    if(c=='A') return 0;
    if(c=='C') return 1;
    if(c=='G') return 2;
    if(c=='T') return 3;
    if(c=='-') return 4;
}
int max(int a,int b,int c)
{
    int k=a;
    if(b>k)
        k=b;
    if(c>k)
        k=c;
    return k;
}
void my_dp()
{
    int i,j,dp1,dp2,dp3;
    dp[0][0]=0;
    for(i=1;i<=m;i++)
        dp[i][0]=dp[i-1][0]+a[getid(s1[i-1])][getid('-')];
    for(j=1;j<=n;j++)
        dp[0][j]=dp[0][j-1]+a[getid('-')][getid(s2[j-1])];
    for(i=1;i<=m;i++)
        for(j=1;j<=n;j++){
            dp1=dp[i-1][j-1]+a[getid(s1[i-1])][getid(s2[j-1])];
            dp2=dp[i-1][j]+a[getid(s1[i-1])][getid('-')];
            dp3=dp[i][j-1]+a[getid('-')][getid(s2[j-1])];
            dp[i][j]=max(dp1,dp2,dp3);
        }
}
int main()
{
    int T;
    scanf("%d",&T);
    while(T--){
        scanf("%d%s%d%s",&m,s1,&n,s2);
        my_dp();
        printf("%d\n",dp[m][n]);
    }
    return 0;
}

poj 1080 Human Gene Functions （dp,LCS）