首页 > 代码库 > HDU 1080 Human Gene Functions

HDU 1080 Human Gene Functions

2024-07-14 22:01:57   222人阅读

最长公共子序列的变形

题目大意：给出两个基因序列，求这两个序列的最大相似度。

题目中的表格给出了两两脱氧核苷酸的相似度。

 

状态转移方程为：

dp[i][j] = max(dp[i-1][j]+Similarity(s1[i], ‘-‘),
                     dp[i][j-1]+Similarity(s2[j], ‘-‘),
                     dp[i-1][j-1]+Similarity(s1[i], s2[j]));

注意边界的初始化。

 

 1 //#define LOCAL 2 #include <iostream> 3 #include <cstdio> 4 #include <cstring> 5 #include <algorithm> 6 using namespace std; 7  8 char s1[105], s2[105]; 9 int dp[105][105];10 11 int table[5][5] = {12      5, -1, -2, -1, -3,13     -1,  5, -3, -2, -4,14     -2, -3,  5, -2, -2,15     -1, -2, -2,  5, -1,16     -3, -4, -2, -1,  017 }; 18 19 int max(int a, int b, int c)20 {21     return max(max(a, b), c);22 }23 24 int f(char c)25 {26     if(c == ‘A‘)    return 0;27     if(c == ‘C‘)    return 1;28     if(c == ‘G‘)    return 2;29     if(c == ‘T‘)    return 3;30     if(c == ‘-‘)    return 4;31 }32 33 int Similarity(char c1, char c2)34 {    return table[f(c1)][f(c2)];    }35 36 int main(void)37 {38     #ifdef LOCAL39         freopen("1080in.txt", "r", stdin);40     #endif41 42     int T;43     scanf("%d", &T);44     while(T--)45     {46         int len1, len2, i, j;47         dp[0][0] = 0;48         scanf("%d %s", &len1, s1+1);49         scanf("%d %s", &len2, s2+1);50         for(i = 1; i <= len1; ++i)51             dp[i][0] = dp[i-1][0] + Similarity(s1[i], ‘-‘);52         for(i = 1; i <= len2; ++i)53             dp[0][i] = dp[0][i-1] + Similarity(s2[i], ‘-‘);54         for(i = 1; i <= len1; ++i)55             for(j = 1; j <= len2; ++j)56                 dp[i][j] = max(dp[i-1][j]+Similarity(s1[i], ‘-‘),57                                 dp[i][j-1]+Similarity(s2[j], ‘-‘),58                                 dp[i-1][j-1]+Similarity(s1[i], s2[j]));59 60         printf("%d\n", dp[len1][len2]);61     }62     return 0;63 }
代码君

 


联系
我们