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R语言igraph 包-构建网络图

igaph 是一个项目,目标是建立一条简单,易用的网络分析工具,有 R, python, C/C++ 等语言的具体实现;

项目主页:

http://igraph.org/

在R语言中,对应的就是 igraph 这个R包

安装:

install.packages("igraph")

使用:

对于图 graph 这种数据结构而言,最基本的元素包括节点(node) 和 边(节点之间的连线,edge);

igraph 这个R包提供了很多种创建graph的方式,我们先看一个最基本的例子,从数据框创建一个graph;

我们将要创建的graph 如下:

技术分享

可以看到,这个graph 包括5个节点,首先创建一个数据框,这个数据框中的每一行是一个节点,每一列是节点的属性

代码如下:

> actors <- data.frame(name=c("Alice", "Bob", "Cecil", "David",
                            "Esmeralda"),
                     age=c(48,33,45,34,21),
                     gender=c("F","M","F","M","F"))

> actors
       name age gender
1     Alice  48      F
2       Bob  33      M
3     Cecil  45      F
4     David  34      M
5 Esmeralda  21      F

actors 这个数据框保存了图中所有节点的信息,共5个节点,有name, age, gender 3种属性;注意节点的属性是自定义的

接下来创建另外一个数据框,保存边的信息,

代码如下:

> relations <- data.frame(from=c("Bob", "Cecil", "Cecil", "David",
+                                "David", "Esmeralda"),
+                         to=c("Alice", "Bob", "Alice", "Alice", "Bob", "Alice"),
+                         same.dept=c(FALSE,FALSE,TRUE,FALSE,FALSE,TRUE),
+                         friendship=c(4,5,5,2,1,1), advice=c(4,5,5,4,2,3))
> relations
       from    to same.dept friendship advice
1       Bob Alice     FALSE          4      4
2     Cecil   Bob     FALSE          5      5
3     Cecil Alice      TRUE          5      5
4     David Alice     FALSE          2      4
5     David   Bob     FALSE          1      2
6 Esmeralda Alice      TRUE          1      3

relations 数据框保存了节点之间的连线信息, from, to 两列描述了这条边是从哪个节点到哪个检点,最后的3列是每条边的一些自定义的属性

当两个数据框创建完成之后,就可以利用 graph_from_data_frame 函数创建一个graph, 代码如下:

g <- graph_from_data_frame(relations, directed=TRUE, vertices=actors)

第一个参数是保存edge 信息的数据框,directed 参数控制graph 有无方向,vertices 参数是保存节点信息的数据框

最后进行一个简单的可视化

plot(p)

就可以得到如下所示的图:

技术分享

 

 

 上面只是最基本的可视化的例子,对于graph 而言,有directed graph 和 undirected graph 两种,在可视化的时候,最核心的东西是计算每个节点的位置,对于不同类型的graph, 有不同的自动化的布局算法

 

 

 

 

 

 

 

参考资料:

https://rdatamining.wordpress.com/2012/05/17/an-example-of-social-network-analysis-with-r-using-package-igraph/

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