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Canopy算法计算聚类的簇数
Kmeans算是是聚类中的经典算法。步骤例如以下:
选择K个点作为初始质心
repeat
将每一个点指派到近期的质心,形成K个簇
又一次计算每一个簇的质心
until 簇不发生变化或达到最大迭代次数
算法中的K须要人为的指定。确定K的做法有非常多,比方多次进行试探。计算误差。得出最好的K。这样须要比較长的时间。我们能够依据Canopy算法来粗略确定K值(能够觉得相等)。看一下Canopy算法的过程:
(1)设样本集合为S。确定两个阈值t1和t2,且t1>t2。
(2)任取一个样本点p。作为一个Canopy,记为C,从S中移除p。
(3)计算S中全部点到p的距离dist
(4)若dist<t1。则将对应点归到C,作为弱关联。
(5)若dist<t2。则将对应点移出S,作为强关联。
(6)反复(2)~(5),直至S为空。
Canopy 个数全然能够作为这个K值,一定程度上降低了选择K的盲目性。
以下通过Canopy算法对一些点进行计算Canopy的个数。假设只计算K值,则T1没有不论什么作用,之用指定T2就可以。这里使用全部点的平均距离的一半来作为T2.
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package cn.edu.ustc.dm.cluster;
import java.util.ArrayList; import java.util.List; import cn.edu.ustc.dm.bean.Point; /** * Canopy算法 借助canopy算法计算相应的Kmeans中的K值大小 * 当中对于计算K值来说。canopy算法中的T1没有意义,仅仅用设定T2(T1>T2) 我们这里将T2设置为平均距离 * * @author YD * */ public class Canopy { private List<Point> points = new ArrayList<Point>(); // 进行聚类的点 private List<List<Point>> clusters = new ArrayList<List<Point>>(); // 存储簇 private double T2 = -1; // 阈值 public Canopy(List<Point> points) { for (Point point : points) // 进行深拷贝 this.points.add(point); } /** * 进行聚类,依照Canopy算法进行计算,将全部点进行聚类 */ public void cluster() { T2 = getAverageDistance(points); while (points.size() != 0) { List<Point> cluster = new ArrayList<Point>(); Point basePoint = points.get(0); // 基准点 cluster.add(basePoint); points.remove(0); int index = 0; while (index < points.size()) { Point anotherPoint = points.get(index); double distance = Math.sqrt((basePoint.x - anotherPoint.x) * (basePoint.x - anotherPoint.x) + (basePoint.y - anotherPoint.y) * (basePoint.y - anotherPoint.y)); if (distance <= T2) { cluster.add(anotherPoint); points.remove(index); } else { index++; } } clusters.add(cluster); } } /** * 得到Cluster的数目 * * @return 数目 */ public int getClusterNumber() { return clusters.size(); } /** * 获取Cluster相应的中心点(各点相加求平均) * * @return */ public List<Point> getClusterCenterPoints() { List<Point> centerPoints = new ArrayList<Point>(); for (List<Point> cluster : clusters) { centerPoints.add(getCenterPoint(cluster)); } return centerPoints; } /** * 得到的中心点(各点相加求平均) * * @return 返回中心点 */ private double getAverageDistance(List<Point> points) { double sum = 0; int pointSize = points.size(); for (int i = 0; i < pointSize; i++) { for (int j = 0; j < pointSize; j++) { if (i == j) continue; Point pointA = points.get(i); Point pointB = points.get(j); sum += Math.sqrt((pointA.x - pointB.x) * (pointA.x - pointB.x) + (pointA.y - pointB.y) * (pointA.y - pointB.y)); } } int distanceNumber = pointSize * (pointSize + 1) / 2; double T2 = sum / distanceNumber / 2; // 平均距离的一半 return T2; } /** * 得到的中心点(各点相加求平均) * * @return 返回中心点 */ private Point getCenterPoint(List<Point> points) { double sumX = 0; double sumY = 0; for (Point point : points) { sumX += point.x; sumY += point.y; } int clusterSize = points.size(); Point centerPoint = new Point(sumX / clusterSize, sumY / clusterSize); return centerPoint; } /** * 获取阈值T2 * * @return 阈值T2 */ public double getThreshold() { return T2; } /** * 測试9个点。进行操作 * @param args */ public static void main(String[] args) { List<Point> points = new ArrayList<Point>(); points.add(new Point(0, 0)); points.add(new Point(0, 1)); points.add(new Point(1, 0)); points.add(new Point(5, 5)); points.add(new Point(5, 6)); points.add(new Point(6, 5)); points.add(new Point(10, 2)); points.add(new Point(10, 3)); points.add(new Point(11, 3)); Canopy canopy = new Canopy(points); canopy.cluster(); //获取canopy数目 int clusterNumber = canopy.getClusterNumber(); System.out.println(clusterNumber); //获取canopy中T2的值 System.out.println(canopy.getThreshold()); } } |
以上代码是对9个点使用Canopy算法进行计算,获取Canopy数目,也即K。
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