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samtools的基本用法
1.sam，bam的格式转换：
$samtools view -sb file.sam >file.bam $samtools view -sb file.sam -o file.bam #sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools view file.bam>file.sam
$samtools view -h file.bam -o file.sam
#bam文件转换为sam文件
2.对bam文件进行排序
$samtools sort -n file.bam file.sort #以reads的名字排序，输入file.bam 输出file.sort
3.对bam文件进行简单的统计
$samtools flagstat file.bam
#得到比对的统计结果，包括比对率等等。。
4.筛选特定的区域
#筛选不需要的flag值 $samtools view –F 4 file.bam –o file.filter.sam #限定比对质量值最小值 $samtools view –q 20 file.bam –o file.quality.sam #得到指定位置的sam文件 $samtools view file.sort.bam Chr1:1-5000 –o file.position.sam
5.对read重复mapping 到基因组上多个区域时，只保留匹配度最高的
$samtools rmdup file.bam file.rmdup.bam
samtools的基本用法
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