win32应用程序是有窗体的（当然也可以没有），有Windows消息循环机制的。
而win32控制台应用程序只是在控制台下运行的程序，类似以前dos的程序。

后续答案：

Win32 Application和Win32 Console Application 都是工作在32位Windows环境的程序。
其中Win32 Application 就是普通的常见的窗口应用程序，当然有的界面做得比较个性化，比如圆形的、
不规则形状的…… 它们都是所谓的GUI(Graphics User Interface图形用户接口)，我们可以通过鼠标点
击来完成控制。
而Win32 Console Application（win32控制台应用程序）往往是像MS-DOS窗口（XP中叫命令提示符）的样
子出现，我们得用键盘输入各种命令来使用它； 或者叫CUI(Character User Interface字符用户接口)。

 补充：程序入口点也不同，win32 application 入口点是WinMain,win32 Console Application 是main.