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linux_x86_64 blat安装

blatSrc35.zip下载地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/

对于下载好的源代码安装包blatSrc35.zip,需进行编译,安装过程如下:

1.用unzip blatSrc35.zip 解压缩包;

2.bash:cd blatSrc 进入blatSrc文件夹下(此后直到设置环境变量,都在blatSrc文件夹下操作);

3.bash:uname -a  查看linux系统类型,我的系统是x86_64 GUN/LINUX;

4.bash:export MACHTYPE=x86_64 回车;

5.bash:mkdir -p ~/bin/x86_64 回车;

6.bash:make 回车;

7.设置环境变量:主目录下(/home/wq) bash:vim .bashrc;

8.按”i”,编辑文档,最后行输入:export PATH=/home/wq/bin:$PATH,编辑完成后Esc,:,wq,回车;

9.bash:source .bashrc更新环境变量。

至此blat安装完毕 bash:blat *.fa **.fa 回车即以**.fa为 母库比对。