common:

1.两者目录下的文件在打包后会原封不动的保存在apk包中，不会被编译成二进制。

difference:

1.res/raw中的文件会被映射到R.java文件中，访问的时候直接使用资源ID即R.id.filename；assets文件夹下的文件不会被映射到R.java中，访问的时候需要AssetManager类。
2.res/raw不可以有目录结构，而assets则可以有目录结构，也就是assets目录下可以再建立文件夹

*读取文件资源：

res/raw:InputStream is = getResources().openRawResource(R.id.filename); 

assets:getAssets().open(fileName);

在未知目录下有哪些文件，该去和获取这些文件的名称并把文件拷贝到目标目录中呢？（用于内置文件但不知道文件名称，需要筛选出想要的文件然后拷贝到目标目录中，推荐内置在assets文件夹中）
1.res/raw目录：
通过反射的方式得到R.java里面raw内部类里面所有的资源ID的名称，然后通过名称获取资源ID的值来读取我们想要的文件。（这个方法我没试过，有用过的同学麻烦发一段代码看看）。
2.assets目录：
getAssets().list("");来获取assets目录下所有文件夹和文件的名称，再通过这些名称再读取我们想要的文件。

http://stackoverflow.com/questions/5583608/difference-between-res-and-assets-directories

http://blog.csdn.net/zuolongsnail/article/details/6444806