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Espritz安装使用

2024-08-21 06:56:44   225人阅读


Espritz web地址

http://protein.bio.unipd.it/espritz/work/pid_1009562233/espritz.html


Espritz安装失败 

下载好Espritz ，输入example时报如下错误！
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好吧，人家需要的是‘GLIBC_2.14‘，先查看一下当前系统glibc的情况： 
  1. [ssw@mu01 build]$ strings /lib64/libc.so.6 |grep GLIBC
  2. GLIBC_2.2.5
  3. GLIBC_2.2.6
  4. GLIBC_2.3
  5. GLIBC_2.3.2
  6. GLIBC_2.3.3
  7. GLIBC_2.3.4
  8. GLIBC_2.4
  9. GLIBC_2.5
  10. GLIBC_PRIVATE
好吧，确实没有，安装一下。

1. glibc下载

从http://www.gnu.org/software/libc/ 下载源代码。我下载的版本是2.14，
链接地址是http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz。

2. 安装

因为glibc库使用广泛，为了避免污染当前系统环境，最好自定义安装目录，使用时定义一下环境变量就行了。具体步骤如下：
  1. [ssw@mu01 ~]$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz
  2. [ssw@mu01 ~]$ tar xvf glibc-2.14.tar.gz
  3. [ssw@mu01 ~]$ cd glibc-2.14
  4. [ssw@mu01 glibc-2.14]$ mkdir build
  5. [ssw@mu01 glibc-2.14]$ cd ./build
  6. [ssw@mu01 build]$ ../configure --prefix=/home/ssw/bin/glibc-2.14
  7. [ssw@mu01 build]$ make -j4
  8. [ssw@mu01 build]$ make install
当我们执行
  1. [ssw@mu01 build]$ ../configure --prefix=/home/ssw/bin/glibc-2.14
报如下错误。
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 GLIBC_2.14版本以上的基本上都试了一遍，都报以上错误。目前最新版本的是GLIBC_2.24
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能安装成功的只有GLIBC_2.10，但是安装GLIBC_2.10没用，软件依赖的至少是GLIBC_2.14的。 

参考：

https://my.oschina.net/zhangxu0512/blog/262275
http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/
http://blog.sina.com.cn/s/blog_54d63a8b0100um60.html
http://blog.sina.com.cn/s/blog_75acbe0b0101596n.html

错误原因：服务器linux系统内核版本太低无法编译高版本的GLIBC_2.14

使用web端

填入E-Mail然后上传fasta序列等候邮件即可，而且web端并没有限制序列的数量。
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使用网页得到结果。
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获得数据

等一段时间，我们会收到一封邮件如下。

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打开连接我们可以获得6721个蛋白的disorder的5个特征。如下图。
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计算我们自己数据的disorder

准备文件
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yeast_gold_protein_pair.csv
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disorder.csv
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 代码如下：
  1. # -*- coding: utf-8 -*-
  2. """
  3. Created on Wed Nov 16 12:46:27 2016
  5. @author: sun
  6. """
  7. import pandas as pd
  10. yeast_gold_protein_pair=pd.read_csv(‘yeast_gold_protein_pair.csv‘,usecols=[‘idA‘,‘idB‘])
  11. disorder=pd.read_csv(‘disorder.csv‘,index_col=0)
  12. #注loc通过标签选择数据,iloc通过位置选择数据
  13. idA=disorder.loc[‘sp‘ + yeast_gold_protein_pair.idA,:]
  14. idB=disorder.loc[‘sp‘ + yeast_gold_protein_pair.idB,:]
  15. idA.index=range(len(idA))
  16. idB.index=range(len(idB))
  18. data=pd.concat([yeast_gold_protein_pair,idA,idB],axis=1) 
  19. data.to_csv(‘gold_protein_disorder.csv‘,index=False)
gold_protein_disorder.csv
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