这是个权限问题。

直接打开一个文件的话，或者没有使用sudo打开一个文件时，是当前用户在使用gedit，而gedit是属于root的，所以不能修改gedit，

在/home/your uesrname/.config/gedit 地方，使用chown命令修改为所属用户，获得权限即可

sudo chown YOUR_USERNAME /home/YOUR_USERNAME/.config/gedit

原帖：http://askubuntu.com/questions/489453/manage-external-tools-not-popping-up-dialog

ubuntu gedit 工具菜单下没有 Manage external tools