初始化两个数组，一个序列数值数组K[N]，一个序列和数组SUM[N]，先遍历一边序列，为C或者G则K[i]为1，否则则置为0，然后计算连续M个K[I]之和存入SUM就行。

import java.util.Scanner;
public class DNAsquence {
	public static void main(String args[]){
		Scanner input=new Scanner(System.in);
		String s=input.next();
		int n=input.nextInt();
		int k[]=new int[s.length()];
		int sum[]=new int[s.length()];
		for(int i=0;i<k.length;i++){
			k[i]=0;
			sum[i]=0;
		}
		for(int i=0;i<s.length();i++){
			if(s.charAt(i)=='C'||s.charAt(i)=='G')k[i]=1;
		}
		for(int i=0;i<k.length-n;i++){
			for(int j=0;j<n;j++){
				sum[i]=sum[i]+k[i+j];
			}
		}
		int max=0;
		int maxindex=0;
		for(int i=0;i<k.length-n;i++){
			if(sum[i]>max){
				max=sum[i];
				maxindex=i;
			}
		}
		System.out.println(s.substring(maxindex, maxindex+n));
	}
}