Application.Exit();
// 通知所有消息泵必须终止，并且在处理了消息以后关闭所有应用程序窗口。
//  由 .NET Compact Framework 支持。

Form.Close();     
 //关闭窗口(主程序还没有退去)

要点：

1.程序从Application.Run(new   Form1)开始，到Application.Exit()结束，销毁窗体，回收资源。 这之中，如果你打开了1个窗体，两个语句就是一样，如果打开多个，比如你Form1里又开了form2,form3等等，那么，你除了Application.Run()参数以外的实例，执行close就是关闭那个窗体，程序不退出，Application.Exit就是关闭包括窗口在内的整个程序。

2.要退出程序，并且不是在主窗口退出，用Application.Exit(); 
如果是主窗口，可以直接用this.Close();

3.Form.Close(); 是关闭当前窗口，如果只有一个窗口或者是MDI里面的主窗口则是退出程序，是一种安全式 ，而 Application.Exit();则是强制结束进程，有时必须要采用这个退出才有效，比如线程锁住的时候， 一般情况下我认为用form.close()是不错的方法。

4. 在显示为无模式窗口的 Form 上调用 Close 方法时，不能调用 Show 方法使窗体可见，因为窗体的资源已被释放。若要隐藏窗体然后又使其可见，请使用 Control.Hide 方法。

5.当调用 Application.Exit 方法以退出应用程序时，不引发 Form.Closed 和 Form.Closing 事件。如果在必须执行的其中一个事件中有验证代码，则在调用 Exit 方法之前，应分别为每个打开的窗体调用 Form.Close 方法。

C# 窗口和程序的退出