可以用R直接进行分析，具体步骤如下：
1、R下载RODBC包，安装好。
2、在http://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc
下载mySQL ODBC，安装好。
3、windows：控制面板->管理工具->数据源（ODBC）->双击->添加->选中mysql ODBC driver一项
填写：data source name 一项填入你要使用的名字，自己随便命名，例如：mysql_data;
description一项随意填写，例如mydata
TCP/IP Server 填写本机服务器IP，一般为：127.0.0.1
user 填写你的mysql用户名
password 填写你的mysql密码
然后数据库里会出现你的mysql里的所有数据库，选择一个数据库。
确定。

4、打开R的界面调用数据库：

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library(RODBC); 
channel <- odbcConnect("mysql_data", uid="root",pwd="123"); 
sqlTables(channel);#查看数据中的表 
data<-sqlFetch(channel,"kegg")# 查看表的内容，存到数据框里