$fastq_quality_filter -q 29 -p 80 -i inputfile -o outfile -v -Q 33/64

[-q N]       = 最小的需要留下的质量值
[-p N]       = 每个reads中最少有百分之多少的碱基需要有-q的质量值
 [-z]          =压缩输出
 [-v]         =详细-报告

-Q           =告诉程序选用哪种质量标准。（sanger -33 ；illumina -64）

低质量序列的定义：reads中小于某个阀值的base个数的百分比。下图是低质量序列的标准。

fastq_quality_filter过滤高通量测序数据。