1．首先确认服务器出于安全的状态，也就是没有人能够任意地连接MySQL数据库。
因为在重新设置MySQL的root密码的期间，MySQL数据库完全出于没有密码保护的
状态下，其他的用户也可以任意地登录和修改MySQL的信息。可以采用将MySQL对
外的端口封闭，并且停止Apache以及所有的用户进程的方法实现服务器的准安全
状态。最安全的状态是到服务器的Console上面操作，并且拔掉网线。

2．修改MySQL的登录设置：
# vim /etc/my.cnf
在[mysqld]的段中加上一句：skip-grant-tables
例如：
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
skip-grant-tables
保存并且退出vi。

3．重新启动mysqld
# service mysqld restart
Stopping MySQL: [ OK ]
Starting MySQL: [ OK ]

4．登录并修改MySQL的root密码
# mysql
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 3 to server version: 3.23.56
Type ‘help;‘ or ‘\h‘ for help. Type ‘\c‘ to clear the buffer.
mysql> USE mysql ;
Database changed
mysql> UPDATE user SET Password = password ( ‘new-password‘ ) WHERE User = ‘root‘ ;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
Rows matched: 2 Changed: 0 Warnings: 0
mysql> flush privileges ;
Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)
mysql> quit

5．将MySQL的登录设置修改回来
# vim /etc/my.cnf
将刚才在[mysqld]的段中加上的skip-grant-tables删除
保存并且退出vim

6．重新启动mysqld
# service mysqld restart
Stopping MySQL: [ OK ]
Starting MySQL: [ OK ]

来源： <http://www.cnblogs.com/sbaicl/articles/3132010.html>