网上通用解决方法的配置如下：

server {

 ...

    location / {

        index  index.htm index.html index.php;

        #访问路径的文件不存在则重写URL转交给ThinkPHP处理

        if (!-e $request_filename) {

           rewrite  ^/(.*)$  /index.php/$1  last;

           break;

        }

    }

    location ~ \.php/?.*$ {

        root        /var/www/html/website;

        fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;

        fastcgi_index  index.php;

        #加载Nginx默认"服务器环境变量"配置

        include        fastcgi.conf;

        #设置PATH_INFO并改写SCRIPT_FILENAME,SCRIPT_NAME服务器环境变量

        set $fastcgi_script_name2 $fastcgi_script_name;

        if ($fastcgi_script_name ~ "^(.+\.php)(/.+)$") {

            set $fastcgi_script_name2 $1;

            set $path_info $2;

        }

        fastcgi_param   PATH_INFO $path_info;

        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME   $document_root$fastcgi_script_name2;

        fastcgi_param   SCRIPT_NAME   $fastcgi_script_name2;

    }

}

其实应该使用更简单的方法，fastcgi模块自带了一个fastcgi_split_path_info指令专门用来解决此类问题的，该指令会根据给定的正则表达式来分隔URL，从而提取出脚本名和path info信息，使用这个指令可以避免使用if语句，配置更简单。
另外判断文件是否存在也有更简单的方法，使用try_files指令即可。

server {

 ...

    location / {

        index  index.htm index.html index.php;

        #如果文件不存在则尝试TP解析

        try_files  $uri  /index.php$uri;

    }

    location ~ .+\.php($|/) {

        root        /var/www/html/website;

        fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;

        fastcgi_index  index.php;

        #设置PATH_INFO，注意fastcgi_split_path_info已经自动改写了fastcgi_script_name变量，

        #后面不需要再改写SCRIPT_FILENAME,SCRIPT_NAME环境变量，所以必须在加载fastcgi.conf之前设置

        fastcgi_split_path_info  ^(.+\.php)(/.*)$;

        fastcgi_param  PATH_INFO $fastcgi_path_info;

        #加载Nginx默认"服务器环境变量"配置

        include        fastcgi.conf;

    }

}

最完美解决Nginx部署ThinkPHP项目的办法