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kallisto:Near-optimal RNA-Seq quantification
Near-optimal RNA-Seq quantification https://pachterlab.github.io/kallisto
kallisto
kallisto是一个用高通量测序片段从RNA序列或更为普遍的目标序列中量化转录丰富度的一个程序。它是基于伪对齐的新的数据,用于快速确定reads目标,而无需alignment。在标准的RNA序列数据中,kallisto能够在mac系统上用不到十分钟的时间构建索引,用不到三分钟的时间量化(也就是分类)3千w人类的reads。reads伪对齐保留关键信息需要量化,并且kallisto不仅速度快,而且比现有的量化工具准确。事实上,由于伪对齐的过程是对reads出错上的健壮性,在许多基准中kallisto显著优于现有的工具。
kallisto能够用sleuth量化RNA序列分析。
kallisto:Near-optimal RNA-Seq quantification
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