linux的基本体系结构由下面两张图可以简单的概括（两张图是一样的，只是侧重点有点不同）

从上图得知，Linux由用户空间和内核空间两部分组成。内核空间与用户空间是程序执行的两种不同状态，通过系统调用和硬件中断能够完成从用户空间到内核空间的转移。

由于linux系统版本的不同，其目录结构上，又有稍微不得不同，这里拿两个目录作为对比和学习

针对linux体系，其源码的目录范例1如下：

Linux 目录结构及主要内容 1
“/”根目录部分有以下子目录：
    /usr 目录包含所有的命令、程序库、文档和其它文件。这些文件在正常操作中不会被改变的。这个目录也包含你的Linux发行版本的主要的应用程序，譬如，Netscape。
    /var 目录包含在正常操作中被改变的文件：假脱机文件、记录文件、加锁文件、临时文件和页格式化文件等
    /home 目录包含用户的文件：参数设置文件、个性化文件、文档、数据、EMAIL、缓存数据等。这个目录在系统省级时应该保留。
    /proc 目录整个包含虚幻的文件。它们实际上并不存在磁盘上，也不占用任何空间。（用ls –l 可以显示它们的大小）当查看这些文件时，实际上是在访问存在内存中的信息，这些信息用于访问系统
    /bin 系统启动时需要的执行文件（二进制），这些文件可以被普通用户使用。
    /sbin 系统执行文件（二进制），这些文件不打算被普通用户使用。（普通用户仍然可以使用它们，但要指定目录。）
    /etc 操作系统的配置文件目录。
    /root 系统管理员（也叫超级用户或根用户）的Home目录。
    /dev 设备文件目录。LINUX下设备被当成文件，这样一来硬件被抽象化，便于读写、网络共享以及需要临时装载到文件系统中。正常情况下，设备会有一个独立的子目  录。这些设备的内容会出现在独立的子目录下。LINUX没有所谓的驱动符。
    /lib 根文件系统目录下程序和核心模块的共享库。
    /boot 用于自举加载程序（LILO或GRUB）的文件。当计算 机启动时（如果有多个操作系统，有可能允许你选择启动哪一个操作系统），这些文件首先被装载。这个目录也会包含LINUX核（压缩文件vmlinuz），但LINUX核也可以存在别处，只要配置LILO并且LILO知道LINUX核在哪儿。
    /opt 可选的应用程序，譬如，REDHAT 5.2下的KDE （REDHAT 6.0下，KDE放在其它的XWINDOWS应用程序中，主执行程序在/usr/bin目录下）
    /tmp 临时文件。该目录会被自动清理干净。
    /lost+found 在文件系统修复时恢复的文件
“/usr”目录下比较重要的部分有：
    /usr/X11R6 X-WINDOWS系统（version 11, release 6)
    /usr/X11 同/usr/X11R6 （/usr/X11R6的符号连接）
    /usr/X11R6/bin 大量的小X-WINDOWS应用程序（也可能是一些在其它子目录下大执行文件的符号连接）。  
    /usr/doc LINUX的文档资料（在更新的系统中，这个目录移到/usr/share/doc）。
    /usr/share 独立与你计算机结构的数据，譬如，字典中的词。
    /usr/bin和/usr/sbin 类似与“/”根目录下对应的目录（/bin和/sbin），但不用于基本的启动（譬如，在紧急维护中）。大多数命令在这个目录下。
    /usr/local 本地管理员安装的应用程序（也可能每个应用程序有单独的子目录）。在“main”安装后，这个目录可能是空的。这个目录下的内容在重安装或升级操作系统后应该存在。
    /usr/local/bin 可能是用户安装的小的应用程序，和一些在/usr/local目录下大应用程序的符号连接。
/proc目录的内容：
     /proc/cpuinfo 关于处理器的信息，如类型、厂家、型号和性能等。
     /proc/devices 当前运行内核所配置的所有设备清单。
     /proc/dma 当前正在使用的DMA通道。/proc/filesystems 当前运行内核所配置的文件系统。
     /proc/interrupts 正在使用的中断，和曾经有多少个中断。
     /proc/ioports 当前正在使用的I/O端口。
     举例，使用下面的命令能读出系统的CPU信息。
     cat /proc/cpuinfo
总结来说:
     · 用户应该将文件存在/home/user_login_name目录下(及其子目录下)。
     · 本地管理员大多数情况下将额外的软件安装在/usr/local目录下并符号连接在/usr/local/bin下的主执行程序。
     · 系统的所有设置在/etc目录下。
     · 不要修改根目录（“/”）或/usr目录下的任何内容，除非真的清楚要做什么。这些目录最好和LINUX发布时保持一致。
     · 大多数工具和应用程序安装在目录：/bin, /usr/sbin, /sbin, /usr/x11/bin,/usr/local/bin。
     · 所有的文件在单一的目录树下。没有所谓的“驱动符”。

针对linux体系，其源码的目录范例2如下：

/ Linux文件系统的入口，也是处于最高一级的目录；
   /bin  基础系统所需要的那些命令位于此目录，也是最小系统所需要的命令；比如 ls、cp、mkdir等命令；功能和/usr/bin类似，这个目录中的文件都是可执行的，普通用户都可以使用的命令。做为基础系统所需要的最基础的命令就是放在这里。
   /boot  Linux的内核及引导系统程序所需要的文件，比如 vmlinuz initrd.img 文件都位于这个目录中。在一般情况下，GRUB或LILO系统引导管理器也位于这个目录；
   /dev  设备文件存储目录，比如声卡、磁盘…… ……
   /etc  系统配置文件的所在地，一些服务器的配置文件也在这里；比如用户帐号及密码配置文件；
   /home  普通用户家目录默认存放目录；
   /lib 库文件存放目录
   /lost+found 在ext2或ext3文件系统中，当系统意外崩溃或机器意外关机，而产生一些文件碎片放在这里。当系统启动的过程中fsck工具会检查这里，并修复已经损坏的文件系统。 有时系统发生问题，有很多的文件被移到这个目录中，可能会用手工的方式来修复，或移到文件到原来的位置上。
   /media  即插即用型存储设备的挂载点自动在这个目录下创建，比如USB盘系统自动挂载后，会在这个目录下产生一个目录 ；CDROM/DVD自动挂载后，也会在这个目录中创建一个目录，类似cdrom 的目录。这个只有在最新的发行套件上才有，比如Fedora Core 4.0 5.0 等。可以参看/etc/fstab的定义；
   /misc
   /mnt  这个目录一般是用于存放挂载储存设备的挂载目录的，比如有cdrom 等目录。可以参看/etc/fstab的定义。有时我们可以把让系统开机自动挂载文件系统，把挂载点放在这里也是可以的。主要看/etc/fstab中怎么定义了；比如光驱可以挂载到/mnt/cdrom .
   /opt 表示的是可选择的意思，有些软件包也会被安装在这里，也就是自定义软件包，比如在Fedora Core 5.0中，OpenOffice就是安装在这里。有些我们自己编译的软件包，就可以安装在这个目录中；通过源码包安装的软件，可以通过 ./configure ——prefix=/opt/目录 .
   /proc 操作系统运行时，进程（正在运行中的程序）信息及内核信息（比如cpu、硬盘分区、内存信息等）存放在这里。/proc目录伪装的文件系统proc的挂载目录，proc并不是真正的文件系统，它的定义可以参见 /etc/fstab .
   /root  Linux超级权限用户root的家目录；
   /sbin 大多是涉及系统管理的命令的存放，是超级权限用户root的可执行命令存放地，普通用户无权限执行这个目录下的命令，这个目录和/usr/sbin；/usr/X11R6/sbin或/usr/local/sbin目录是相似的； 我们记住就行了，凡是目录sbin中包含的都是root权限才能执行的。
   /tmp 临时文件目录，有时用户运行程序的时候，会产生临时文件。/tmp就用来存放临时文件的。/var/tmp目录和这个目录相似。
   /usr 这个是系统存放程序的目录，比如命令、帮助文件等。这个目录下有很多的文件和目录。当我们安装一个Linux发行版官方提供的软件包时，大多安装在这里。如果有涉及服务器配置文件的，会把配置文件安装在/etc目录中。/usr目录下包括涉及字体目录/usr/share/fonts ，帮助目录 /usr/share/man或/usr/share/doc，普通用户可执行文件目录/usr/bin 或/usr/local/bin 或/usr/X11R6/bin ，超级权限用户root的可执行命令存放目录，比如 /usr/sbin 或/usr/X11R6/sbin 或/usr/local/sbin 等；还有程序的头文件存放目录/usr/include.
   /var 这个目录的内容是经常变动的，看名字就知道，我们可以理解为vary的缩写，/var下有/var/log 这是用来存放系统日志的目录。/var/www目录是定义Apache服务器站点存放目录；/var/lib 用来存放一些库文件，比如MySQL的，以及MySQL数据库的的存放地；
   我们再补充一下一些比较重要的目录的用途；
   /etc/init.d 这个目录是用来存放系统或服务器以System V模式启动的脚本，这在以System V模式启动或初始化的系统中常见。比如Fedora/RedHat；
   /etc/xinit.d 如果服务器是通过xinetd模式运行的，它的脚本要放在这个目录下。有些系统没有这个目录， 比如Slackware，有些老的版本也没有。在Rehat/Fedora中比较新的版本中存在。
   /etc/rc.d 这是Slackware发行版有的一个目录，是BSD方式启动脚本的存放地；比如定义网卡，服务器开启脚本等。
   /etc/X11 是X-Windows相关的配置文件存放地；
   比如下面的例子：
   [root@localhost ~]# /etc/init.d/sshd start 注：启动sshd服务器
   [root@localhost ~]# /etc/init.d/sshd stop 注：停止sshd服务器
   启动 sshd： [确定]
   这就是典型的sshd 服务器 System V模式启动脚本，通过这运行这个脚本可以启动sshd服务器了。
   /usr/bin 这个目录是可执行程序的目录，普通用户就有权限执行； 当我们从系统自带的软件包安装一个程序时，他的可执行文件大多会放在这个目录。比如安装gaim软件包时。相似的目录是/usr/local/bin； 有时/usr/bin中的文件是/usr/local/bin的链接文件；
   /usr/sbin 这个目录也是可执行程序的目录，但大多存放涉及系统管理的命令。只有root权限才能执行；相似目录是/sbin 或/usr/local/sbin或/usr/X11R6/sbin等；
   /usr/local 这个目录一般是用来存放用户自编译安装软件的存放目录；一般是通过源码包安装的软件，如果没有特别指定安装目录的话，一般是安装在这个目录中。这个目录下面有子目录。自己看看吧。
   /usr/lib 和/lib 目录相似，是库文件的存储目录；
   /usr/share 系统共用的东西存放地，比如 /usr/share/fonts 是字体目录，是用户都共用的吧。
   /usr/share/doc和/usr/share/man帮助文件，也是共用的吧；
   /usr/src 是内核源码存放的目录，比如下面有内核源码目录，比如 linux 、linux-2.xxx.xx 目录等。有的系统也会把源码软件包安装在这里。比如Fedora/Redhat，当我们安装file.src.rpm的时候，这些软件包会安装在/usr/src/redhat相应的目录中。请参考： 《file.src.rpm 使用方法的简单介绍》 .另外Fedhat 4.0 5.0，他的内核源码包的目录位于/usr/src/kernels目录下的某个目录中（只有安装后才会生成相应目录）；
   /var/adm 比如软件包安装信息、日志、管理信息等，在Slackware操作系统中是有这个目录的。在Fedora中好象没有；自己看看吧。
   /var/log 系统日志存放，分析日志要看这个目录的东西；
   /var/spool 打印机、邮件、代理服务器等假脱机目录；

上面目录内容摘自：http://www.xtzj.com/read-htm-tid-69582.html

Linux内核架构：

Linux内核源代码位于/usr/src/linux目录下。

/include子目录包含了建立内核代码时所需的大部分包含文件，这个模块利用其他模块重建内核。

/init 子目录包含了内核的初始化代码，这是内核工作的开始的起点。

/arch子目录包含了所有硬件结构特定的内核代码。如：i386,alpha

/drivers子目录包含了内核中所有的设备驱动程序，如块设备和SCSI设备。

/fs子目录包含了所有的文件系统的代码。如:ext2,vfat等。

/net子目录包含了内核的连网代码。

/mm子目录包含了所有内存管理代码。

/ipc子目录包含了进程间通信代码。

/kernel子目录包含了主内核代码。