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[samtools] 文本查看语法,浏览SNP/INDEL位点

  santools可以作为文本查看工具,查看比对结果文件,下面做一简单介绍:

  1. 通过BWA比对获取sam比对文件,也可以将fastq文件转化为bam/sam文件;

  2. 转换sam文件为bam文件,samtools view -bS seq.sam > seq.bam

  3. 对bam文件进行排序,samtools sort seq.bam -o seq.sorted.bam

  4. 对bam文件进行index,samtools index seq.sorted.bam

  5. 查看比对结果文件,samtools tview seq.sorted.bam ref.fasta

注:

  所有的帮帮助说明都可以在官方网站查阅:

  http://www.htslib.org/doc/samtools.html

  https://github.com/samtools/hts-specs

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