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R语言学习之主成分分析法的R实践
主成分分析R软件实现程序(一):
>d=read.table("clipboard",header=T) #从剪贴板读取数据
>sd=scale(d) #对数据进行标准化处理
>sd #输出标准化后的数据和属性信息,把标准化的数据拷贝到剪贴板备用
>d=read.table("clipboard",header=T) #从剪贴板读取标准化数据
>pca=princomp(d,cor=T) #主成分分析函数
>screeplot(pca,type="line",mian="碎石图",lwd=2) #画出碎石图
从碎石图上可以看出,前两个主成分的方差贡献率比重比较大,下面计算前两个主成分的累积方差贡献率是否超过80%……
>dcor=cor(d) #求相关矩阵
>deig=eigen(dcor) #求相关矩阵的特征值和特征向量
>deig$values #输出特征值
>sumeigv=sum(deig$values)
>sumeigv 得到k值
>sum(deig$values[1:2])/k #求前两个主成分的累积方差贡献率
>pca$loadings[,1:2] #输出前2个主成分的载荷系数
观察载荷系数可以得到:主成分C1在……
>deig$values[1]/k;deig$values[2]/k; #计算主成分C1、C2的系数b1、b2
C=(b1*C1+b2*C2)/(b1+b2)=q1*C1+q2*C2
>s=pca$scores[,1:2] #输出前两个主成分的得分
>c=s[1:评价对象的个数,1]*q1+s[1:评价对象的个数,2]*q2
>cbind(s,c)
然后把综合得分c的值从小到大排序,得到最后评价结果。
注意:在这里c的值指的是c的实数的值,并非绝对值。
主成分分析R软件实现程序(二):
在excel中点击复制要读取的文件
>data<-read.table("clipboard",header=T,sep=‘\t‘)
>data
>data.pr<-princomp(data,cor=TRUE) #data为数据矩阵或数据框,cor为是否用相关阵,默认为协差阵,scores为是否输出成分得分
>summary(data.pr,loading=TRUE) #loading=TURE选项列出了主成分对应原始变量的系数
其中:standard deviation 标准偏差 Porportion of Variance 贡献率(方差比例)
comulative proportion 累计贡献率(累计比例)
画出三种碎石图:
>screeplot(data.pr) #条型
>biplot(data.pr) #分散型
>screeplot(data.pr,type=("line")) #线型
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